按照商照聪的解释，功能肥是在提供作物必需营养的前提下，通过现有物料和其他物料的加工，能够在改善作物生长环境、提高产量和品质、实现作物特定品质（如生产富硒农产品）和控制供肥过程等方面表现出附加功效的产品。
    功能肥的界定目前还难有定论，原因在于肥料的功能取向并不相同，给划分和统一造成了困难。但专家对功能肥还是有共识的：功能肥的首要作用是给作物提供养分和培肥土壤，而其他都应属附加功能。如同中国农科院肥料工程技术研究中心主任张树清所说，归纳起来，功能肥应该具有植物营养外的非营养功能。

    监管配套：标准建设先行

    必须看到，功能肥的概念界定并不是一个可有可无的问题，它关系到后面的标准制定和市场执法，关系到这个产业的良性发展。功能肥兴起的关键是规范。
    栗铁申表示，目前在功能肥监管领域表现出四无状态：无产品标准、无评价体系、无登记办法、无监管法规，由此导致功能肥的特殊功能在以上四个环节均未得到体现。在实践中，功能肥的推广只能依靠试验示范的对比结果，政府管理部门的规范管理和政策引导严重缺位。
    评价体系的欠缺让功能肥领域良莠不齐，真假难辨，给行业发展造成困扰。白由路认为，在监管评价体系建设上，当前亟待解决三个问题：一是缺乏科学可靠的数据支持。现在大家都是凭借现场简单直观的示范效果来验证，科学性和严谨性不够，因而影响到功能肥的可信性；二是机理不明确，在缺乏科学依据的情况下，一些企业和个人夸大其词，造成宣传失实；三是缺乏统一的标准来评价功能性肥料，效果如何衡量判定、达到多大效果后才可以称之为功能性肥料，这些问题都有待厘清。
    就功能肥的概念界定和标准制定问题，张树清表示，功能肥标准在未来一段时间内难以顺利出台，因为功能肥的功效方向不尽相同，添加的材料也不一样，目前可操作性的做法是，在国家标准或行业标准的基础上制定企业标准。
    肥料创新的步伐不会停歇，与之相应的市场监管也不会停滞。国家质量监督检验检疫总局此前发布了新修订的《化肥产品生产许可证实施细则》，将六类新型复合肥包括缓释肥料、控释肥料、硫包衣缓控释复肥、脲醛缓释复肥、稳定性复肥和无机包裹型复肥等肥料品种纳入工业生产品生产许可证管理。而这些，在部分专家看来，同样是功能肥的组成部分。