棉花苗期发生的病害种类比较多，主要以根部病害和叶部病害两种类型为主。根病病害主要是出苗前的烂子、烂芽和出苗后的根腐与茎基腐为主，常见的有炭疽病、立枯病、红腐病、猝倒病等四种病害。叶病主要危害棉苗的子叶、真叶和茎，严重时会造成茎顶端和叶片干枯脱落，常见的有棉苗疫病、黑斑病、褐斑病、茎枯病等四种病害。其中，土传病害主要以根腐病、立枯病为主，真菌性感染病害以猝倒病、炭疽病为主。

根腐病———主要症状是烂根、黑根，导致茎叶萎蔫、死亡。

立枯病———主要症状是幼茎变成褐色、凹陷，导致幼茎僵枯，甚至折倒。

猝倒病———主要症状是幼茎如开水烫过，发病即倒。

炭疽病———主要症状是子叶或真叶出现不规则圆形褐斑、黑斑，影响棉苗正常发育。

另外，肥害、药害、地下害虫、温湿度不适也会引起一些病害，其表现为无根或根的发育不良、蔫死、叶色黑绿、难出真叶、红茎等。

对于以上病害应预防为主，在发病前或者早期进行防治：关键要做好苗床以及种子消毒处理，出苗后及时喷施杀菌剂与叶面肥进行预防。出苗后可采用中耕破除板结、散墒、提温，从而减轻苗病，有利于壮苗早发，一般晴天每隔6～7天中耕1次，在每次降雨后及时进行中耕。喷施杀菌剂可以选用50%多菌灵800倍液，或者20%腐殖酸-铜1500倍液，叶面肥可以喷施植物脑白金或者氨基酸类叶面肥，同时喷施适量钾肥。