微生物肥料具有生态适应性，施用时应依据当地生态状况、作物品种、土壤类型和耕作方式等确定具体施用方式和施用量，以达到较佳的作用效果。

　　微生物肥料可用作基肥、追肥、沟施或穴施，还可拌种、浸种、蘸根。生物有机肥一般作基肥、种肥、追肥。农用微生物菌剂除作基肥、种肥、追肥外，还可叶面喷施等。

　　●农用微生物菌剂

　　主要用作基肥、追肥、育苗肥。固态菌剂一般用量2公斤/亩左右，与40-60公斤有机肥混合均匀后使用。在作物育苗时，可将固态菌剂掺入营养土中拌土，混均后装入营养钵中育苗；亦可将菌剂稀释10-20倍液拌种、蘸根、喷根；按1比100比例稀释后用于灌根、冲施；稀释500倍液进行叶面喷施。