土质的差异，如沙壤土、粘土保水保肥能力差异极大，引起土壤中养分出现容量差异；土壤养分差异，如页岩风化土、砂土中有机质和部分中微量元素缺乏，而冲积平原土壤富含有机质，对肥料浓度高缓冲能力强；土壤PH值差异，直接引起作物养分吸收障碍，如有些土壤盐碱度和PH值较高，铁、锌、钼等无法被吸收利用，生产中还应注意氯离子危害；PH值的高低还影响同期铵态氮和硝态氮的吸收；有些连作时间太长，土壤中有毒、有害物质积累过多影响作物正常生长，应该合理换茬并配套施用微生物肥料效果才好。

　　这个因素包含了土壤湿度、空气湿度、降水等，施入土壤中或叶面的养分受水分因素影响很大，如影响施肥浓度、肥料的释放速度、肥料理化性质的转变、肥料的流失等等。例如：受技术、工艺水平影响，现在很多控释肥实际上对水分要求较高，并不一定如厂商描绘的释放完全不受水分影响，更何况普通复合肥？再如在过于干旱的情况下，硼不易被吸收，在过涝时，铁不易吸收；雨季施肥时因方式的缺陷加剧肥料的流失。因此，水分也是影响肥料利用的一个因素。