不同产地、生产工艺的单质肥料，其纯度不同，杂质含量各异，自然其使用效果也存在很大差异。例如农业生产中经常出现过磷酸钙烧苗的情况，往往是因为其中游离酸、三氯乙醛和三氯乙酸等含量过多引起；有些尿素缩二脲超标引发烧叶伤苗；很多磷酸二氢钾在果实幼果期使用会导致果皮疤痕，而有些却不会，都是因为肥料品质差异的因素。

　　这包括了肥料的外观形式、含量、重量、成份等方面。如粉状肥料相比粒状肥料使用不当更容易伤叶；缓控释肥工艺缺陷引起养分释放出问题；含量、重量的差异导致用户用量与计划不一等。在肥料生产门槛低，监管存在不足、不到位的情况下，有些商品肥在这方面也存在一定的问题，影响了使用效果。