多菌灵对毛霉、根霉的防治效果较差，在使用多菌灵时应适当提高培养料的pH值，以抑制毛霉、根霉的生长。由于多菌灵耐高湿，使用时最好将培养料进行发酵、高温灭菌处理，以杀灭霉菌。银耳、木耳、猴头菇对多菌灵特别敏感，要避免使用。

　　用多菌灵拌料，应严格控制药液的浓度，一般用含量为50%的粉剂，以占料干重的 0.1%即可杀死和抑制杂菌生长；若加大用量，不但成本增加，还会影响菌丝生长，导致污染。拌料时，要先把药剂溶入足量水中搅拌均匀，拌入料后还要拌匀，以免发生点片污染。多菌灵在碱性环境中容易分解失效，因此拌料时不能同时使用石灰，更不能把多菌灵、石灰混合液久置。另外，多菌灵易使杂菌产生抗药性，所以应避免长期使用，可交替使用其他杀菌剂。

　　百菌清是一种非内吸性广谱杀菌剂，对多种作物真菌病害具有预防作用。能与真菌细胞中的3-磷酸甘油醛脱氢酶发生作用，与该酶体中含有板胱氨酸的蛋白质结合，破坏酶的活力，使真菌细胞的代谢受到破坏而丧失生命力。

　　百菌清的主要作用是防止植物受到真菌的侵害。在植物已受到病菌侵害，病菌进入植物体内后，杀菌作用很小。百菌清没有内吸传导作用，不会从喷药部位及植物的根系被吸收。百菌清在植物表面有良好的黏着性，不易受雨水等冲刷，因此具有较长的药效期，在常规用量下，一般药效期约7-10天。

　　百菌清人体暂定每日允许摄大量(TADI)为0.005 毫克/千克(FAO/WHO)。使用百菌清应遵守中国控制农产品中农药残留的合理使用准则(国家标准GB8321.2-87)。