小麦拌种主要防治以下病虫害：

1.土传病害，主要是纹枯病、全蚀病、根腐病。这些病菌在土壤中可以存活多年，在小麦拌种后种子开始萌芽时病菌就可以侵染。

2.系统侵染病害，主要有杆黑粉病、散黑穗病和腥黑穗病，病菌从种子萌发侵入生长点，随小麦植株生长进行系统侵染。穗期表现危害症状。

3.地下害虫，主要是蛴螬、蝼蛄和金针虫，它们在秋苗期和返青后咬食小麦根茎部，造成缺苗断垄。有效的方法是药剂拌种。