所有的有机肥中，现在大家普遍认为最好的是微生物菌肥，因为近年大量使用无机化肥导致果园土壤有益微生物数量和种类减少。山东烟台市莱山区的姜老板苹果园，2014年每棵树施了生物菌肥2.5公斤，6月我们刨开一看，施菌肥的地方细根特别多，果实成熟时色泽也比没有施菌肥的好，这就说明微生物菌肥可以显著改善土壤理化性质，促进根系生长，还能提高果实品质。

其次就是食草畜禽的粪便，如羊、牛、兔子粪等，这类产品含碳量很高，对提高土壤有机质含量非常有效。

然后就是土杂肥，最差的是大多数果农觉得很好的鸡粪。需要注意的是，果农自己制作有机肥时，必须将有机肥充分腐熟后才能施用。如果没有充分腐熟就直接使用，未腐熟的有机肥在土壤中会产生大量热量烧根，并且把肥中的害虫及有害菌带入土壤。将粪肥、草、秸秆等混合，加入适量水用稀泥封堆或用薄膜覆盖，加上适宜的“发粪宝”菌剂等，高温堆沤处理，一般30~60天左右即可腐熟。

化肥。包括大元素化肥和中微量元素肥料。秋季基施时果实已经采收、新梢也停止了生长，所以这个季节施肥不为长果长梢，而为根系吸收养分后贮藏在树体内。因此，此时的化肥没有必要选择高氮型或者高钾型，更没必要选择价格高的水溶性肥。应尽量选择氮磷钾平衡型的肥料。除了氮磷钾大元素化肥外，必须重视钙镁铁锌硼等中微量元素的施用。西北黄土高原产区土壤呈碱性，所以尤其要注意补充钙铁锌。山东、辽宁苹果园土壤酸化较严重，注意钙镁肥的施用。