畸形果是种植甜椒过程中发生较多的问题之一，主要表现为果实生长不正常。畸形果是一种生理病害，主要是由于甜椒在花芽分化或开花时遇上了恶劣的天气条件，如温度过高或过低，甜椒的花芽分化不良，或甜椒的花受精不良，或者是本来就没有发育完全引起的。
　　1、注意温度控制：秋季在甜椒开花坐果时，温度不宜过高。如果大棚内的温度超过35℃或者是32℃连续2小时以上，甜椒就出现授粉或受精不良的情况。春节前后要注意避免大棚内的气温及地温过低，影响甜椒坐果，冲施生物肥可促进春节前后甜椒正常坐果。
　　2、注意补肥：甜椒缺乏硼、钙等元素会导致畸形果，因此要经常注意喷洒含有硼、钙等元素的叶面肥或营养平衡剂，如叶面喷洒绿芬威3号以及硼酸等。减少氮肥的施用量，增加钾肥，如磷酸二氢钾、硫酸钾等的施用量，及时喷洒甲壳丰营养平衡剂，有利于坐果。
　　3、注意控制植株长势：植株生长过旺，出现畸形果的几率会增大，可通过喷洒生长调节剂或进行整枝打杈等方式保证甜椒果实的正常生长。如果甜椒坐不住果，可能会导致植株生长过旺，可喷洒助壮素以及通过温度调控来保证植株的正常长势，以利于果实生长。