花椒锈病在发病初期叶片正面出现点状水渍状褪绿斑，其相对应的叶背面形成圆形点状黄色病斑，随着病斑的增大，呈现出黄揭色疱状物夏孢子堆，环状排列或散生，直径4—9毫米。这些疱状物破裂后放出桔黄色粉状夏孢子。夏孢子堆形成9—11天后，颜色逐渐变深出现橙红色胶质的冬孢子堆，突起不破裂，圆形或长形，散生或排列成环状。一般在6月上中旬开始发病，7—9月份为发病盛期，到九月份以后植株会因此而衰弱。
 
    在发病初期喷施1∶1∶100倍波尔多液和200—400倍的萎锈灵+护树大将军消毒杀菌，减少病害，有效进行预防。在发病盛期每隔15—20天喷一次50％福美双可湿粉800倍液+植物细胞免疫因子+新高脂膜溶液抑制病毒感染以寄主植物抗病机理及利用病菌毒性变异原理，控制植物生理性病害和侵染性病害繁衍。