引起辣椒死棵的根部病害主要有疫霉根腐病、腐皮镰孢根腐病、茎基腐病、枯萎病等，这些病害有的为害茎基部，有的为害根部。生产上常有灌根效果不佳的现象，主要是因为在灌根时，直接将喷头对准植株茎基部喷淋，该方法对茎基部病害防治效果较好，但对于防治根部病害效果不明显。因为灌根的农药多数以触杀为主，只有少数有内吸性，可向下传导，如三乙磷酸铝等。灌根时药剂没有抵达发病部位是导致防治效果不好的重要原因。因此，若定植后发生根部病害，在分清病害种类、对症用药的同时，还要注意灌根的方法，确保药剂到达发病部位。茎基部发生病害时，可直接喷淋茎基部；而主根以及毛细根发病时，可直接灌根，为保证用药效果，应将土扒开灌根或用灌根器将药剂送至根部。