一种情况是由于茎秆基部靠近土壤表面的地方出现了黑色病斑，导致根系吸收的水分不能顺利输送到植株上部而形成萎蔫。这是由一种疫霉菌引起的根腐病。这种病菌喜欢高温高湿，容易通过伤口侵染。因此，在9月～10月份当大棚内的温度白天超过30℃，大水漫灌造成土壤较长时间潮湿，就很容易发生这种病害。特别是对于苗期徒长的植株，很多菜农都喜欢把茎秆基部多余的部分埋进土壤里，使其再生新根。这对植株的生长虽然有利，但病菌特别容易通过摘叶和掰疯杈造成的伤口侵染。

　　用药剂防治这种病害的效果比较明显，一般只需用雷多米尔或金雷多米尔600倍液灌根1次～2次即可。每株西红柿需灌药液2两左右。

　　另外一种萎蔫情况是茎基部没有病斑，根部表面也没有明显症状。但是剥开根的表皮，可以看到里面已经变成褐色。这种萎蔫大多数容易在连阴天后突然转晴时发生，开始是中午萎蔫，早晚恢复，逐渐全株死亡。特别是那些在连阴天前浇水的大棚，病情更重。这主要是由于连阴天造成土壤温度逐渐降低，叶片的光合作用下降，根部得不到充足的营养，功能减弱，吸收水分的能力下降。当晴天气温突然升高，地温提升相对较慢时，根系的水分吸收量不能满足植株的蒸腾时，就会发生萎蔫现象。发生萎蔫的植株如果得不到及时恢复，根部就会被病菌感染，形成根腐病。因此，对于这种根腐病的防治，最主要的措施是在连阴天后的晴天时，不能使棚内的温度升得太快，要把草苫放下一部分适当遮阴，降低棚内的温度，减少蒸腾量，使植株有一个恢复过程。一般中午棚内的最高温度不要超过25℃。另外，为了防治病菌的侵染还要用药剂灌根。比较好的药剂为适乐时，使用浓度是1500倍液，每亩地灌药液150公斤左右，连续灌2次，每次间隔5天左右。