住院、报销、结算流程为，重大疾病患者携带参合证、身份证（或户口簿）、转院证明（统筹区域内除外）等到定点救治医院就诊，定点救治医院审查患者参合信息，对确诊为按病种付费范围的重大疾病患者，开具入院通知单，标注“合重大疾病”，按重大疾病类别进行管理。

定点救治医院

妇女乳腺癌省级定点救治医院：省一院、省二院、昆医附一院、昆医附二院、省肿瘤医院、大理学院附属医院、省中医院、成都军区昆明总医院、昆明市延安医院。

妇女宫颈癌省级定点救治医院：省一院、省二院、昆医附一院、昆医附二院、省肿瘤医院、大理学院附属医院、省中医院、成都军区昆明总医院、昆明市延安医院、省妇幼保健院。

农村重性精神病省级定点救治医院：昆医附一院、省传染病院、省精神病医院。

终末期肾病省级定点救治医院：省一院、省二院、省三院、昆医附一院、昆医附二院、省中医院、大理学院附属医院、成都军区昆明总医院、云南肾脏病医院、昆明市延安医院。

耐多药肺结核省级定点救治医院：省疾控中心、省传染病院。

艾滋病机会性感染省级定点救治医院：省传染病院、省一院、省二院、省三院、昆医附一院、昆医附二院、大理学院附属医院、成都军区昆明总医院。