为害水稻的恶苗病、干线虫病、稻瘟病、纹枯病、白叶枯病和胡麻斑病等多由种子和土壤侵染传播。水稻种子上带有很多病原菌，可在稻株生长不同时期、阶段，表现出各种不同的病害症状。由种子传染的有恶苗病、干线病。恶苗病主要以种子过冬，种子萌芽后，侵染幼苗茎基部传病；而由土壤侵染传播的有纹枯病、稻瘟病、白叶枯病等。其中纹枯病发生面积最大，发病率最高，受害田减产率最高达50%以上，其主要以残留在土壤中的菌核越冬传病。种传病害发生后，对稻株的生长、发育、产量、品质都有不同程度的影响，其次，因稻种带菌（病），是引起稻株发病的初（始）次浸染源，在生长季节，可引发病害的再侵染、发生、蔓延、危害。 
　　在传统上，对种传病害的防治，现阶段们们一直采用在播前进行种子处理来消灭种传病害，并使种子和幼苗免遭土传病害和害虫的为害。用于种子处理的杀菌剂种子处理的杀菌剂种类很多，有无机的和有机的、挥发性的或非挥发性的、内吸的或非内吸的。经配制后以粉剂、水溶性粉剂、可湿性粉剂、乳剂、液剂或悬浮剂施用。一个好的种子处理剂不应留下任何影响种子发芽、幼苗发育、植株生长和产品的有害残留物。

　　我国从50年代就开始利用药剂浸种、拌种来防治地下害虫和苗期病害。80年代起便开始对水稻种子进行包衣处理，以便促进水稻种子对土壤和肥料中氮的吸收及防治苗期病虫害。大量的调查和试验都表明，经过药剂浸种、拌种或包衣处理过的稻种，既能防止或减少种子和土壤传染病菌引起的种子腐烂、幼苗枯萎、猝倒病及其它病害所造成的损失，提高了产量，又节省了大量的人力、物力、稻种用量和时间。

　　下面就水稻种子处理的方式、使用的主要药剂及其防治病害的情况，叙述如下：

　　1拌种

　　1.1美国有利来路化学工业公司研制出的卫福（有效成分：萎锈灵、福美双）40%悬浮剂，主要用于防治水稻立枯病（160～200g/hm2），恶苗病（120～160g/hm2）。

　　1.2法国罗纳普朗克公司研制出的锐劲特（有效成分：氟虫腈）5%拌种剂，主要用于水稻稻飞虱、稻纵卷叶螟、稻蓟马、稻瘿蚊（80～160g/100kg种子，杂效稻：20～40g/kg，常规稻）。

　　1.3美国富美实公司研制出的好年冬（有效成分：丁硫克百威，35%种子处理剂，用于防治稻蓟马（210～400g/100kg种子），稻瘿蚊（600～800g/100kg种子）。

　　以上三种国外种子处理剂品种，虽然在我国获得登记，但其价格高，很难在国内大面积推广。

　　1.4中国专利（CN1064588）提出多?福合剂杀菌剂（其有效成分多菌灵10%～50%，福美双50%～10%），主要用于防治稻瘟病、胡麻斑病等（50g/100kg）。

　　1.5辽宁省农科院植保所稻病研究室研制出的高效、广谱复合杀菌剂“菌病清”（40%可湿性粉剂50g/10～13kg种子），主要用于防治苗期病害，对水稻恶苗病、立枯病、青枯病、猝倒病有特效，同时具有促根壮秧、抗低温冷寒作用。

　　上述两种种子处理剂品种皆含有多菌灵成分，目前已发现恶苗病等对多菌灵产生了抗药性，所以在已有抗药性菌株的地区应用多菌灵及其复配制剂，其防治效果已明显下降。

　　1.6吡虫啉拌种对水稻种子发芽、出苗均无不良影响，对稻蓟马有很高杀虫活性，并且持效期长，播后46天卷叶率防效仍在95%以上。此外，对秧苗素质的提高有促进作用，这究竟是刺激生长的直接作用，还通过控制稻蓟马发生和危害达到间接提高秧苗素质的作用，有待进一步研究。

　　2浸种

　　2.1中国专利（CN97100851）提出TCCA（三氯异氰尿酸）——杀菌消毒剂。先用干粉占种子量的0.2%拌种后贮藏，在播种前再用TCCA500～300倍液浸种12～36小时。药粉拌种处理144～166天的发芽率比对照高6%～12%，经田间调查表明，对细菌性条斑病、棉腐病、稻瘟病、恶苗病、纹枯病的防效达88%～100%。

　2.2中国专利（CN1096158）提出稻种消毒剂（其中有效成分为4-（2，2-二氯-1，3-苯并二氧杂戊环-4-基）吡咯-3-腈和5-乙基-基-5，8-二氢-8-氧代[1，3]二氧杂戊环基-[4，5-g]喹啉-7-羧酸），在很大低浓度下（7.9ga.i./1000kg种子），对水稻恶苗病、稻瘟病、叶斑病有着相当高的防效。

　　2.3日本宇部兴产公司和日本北兴化学工业公司共同开发出的咪唑类种子杀菌剂稻瘟酯，对防治恶苗病、稻瘟病和胡麻叶斑病旧有成效（200倍液，防治率98%以上）。虽然苯并咪杀菌剂与福美双制成混合制剂已大面积广泛用于防治上述病害，但长期的使用，致使出现串珠镰孢耐苯并咪唑菌株，造成苯并咪唑类杀菌剂防治水稻恶苗病的活性降低。而稻瘟酯对苯并咪唑类杀菌剂具抗性的串珠镰孢有效。另外，在育苗箱培育试验中也充分显示出对绿色木霉和镰孢属等土传病原菌引起的水稻苗立枯病有很好防治效果。