微生物制剂在果树病害防治当中，可以分为病害防治和虫害防治，在虫害防治当中所应用的微生物主要包括细菌(如苏云金芽孢杆菌)、真菌(如绿僵菌、白僵菌等)、病毒(如核型多角体病毒)等。用于病害防治的微生物主要有细菌(如芽孢杆菌、假单胞杆菌)，放线菌(如链霉菌)，真菌(如木霉和链孢粘帚霉)等。

　　利用微生物制剂防控果树病害尤其是土传病害取得了良好的效果，也在国内外形成了比较广泛的共识。在枝干病态方面利用微生物菌剂也取得了一些进展，但是在剂型加工和应用技术方面还需开展进一步的研究。利用微生物制剂防控叶部病害的研究很多，但能够在生产上应用的案例还是很少，需要加大筛选和研究的力度。