随着工业化和城镇化的推进，我国农村土地的三权分离，即所有权、承包权、经营权（或称使用权）的三权分离已成为事实，然而，与此相适应的权益交易与市场体系却极为滞后，影响了农村土地资源的优化配置、城镇化的健康发展以及农民财产权益的实现。土地的三权分离和交易问题与土地产权制度密切相关，而产权制度问题又与产权理论有关。现代产权理论已经不是单纯讨论产权的公有或者私有的问题，已经不是单纯从意识形态角度讲产权问题。产权更多的是一种影响人类行为的制度安排，服从于效率，在一定意义上讲具有技术性。产权理论发展很快，现代产权具有可分解性、组合性、混合性。这次中央三中全会提出的混合所有制概念，尽管仍有一些不同看法，但这可能是我国农地产权制度的一个出路。产权制度安排有时也是利益各方妥协的产物，并不存在那种产权制度是好还是不好的判定，合理的产权制度就是一种制度的安排、一种均衡的体现，一种效率的反映。产权的物化性和非物化性很有意义。产权的非物化性为我们的农地产权制度改革和集体产权制度的效率实现提供了可能。对我国农村土地，尤其是农地的所有权、承包权、经营权的三权分离现象，社会应该已有共识，也就是农村土地的所有权归集体，承包权归农户，农户如果不流转土地，则土地的承包权和经营权都是他的，如果他不想种地了，又不肯放弃承包权，那么经营权与承包权就会再分离，呈现三权分离的现象，这在现实中已非常普遍。需要进一步讨论的是我国农村土地的集体所有制问题，通常被称为是公有制的一种形式，但具体来看，我国农村土地的集体所有实际是一种社区农民的集体所有，是区域范围的集体共有，因而它不是公有制的“公有”，而是共有制的“共有”，一字之差，差别是很大的。由于我国农村土地是社区农民集体共有，因此，农民对土地实际上不仅应该拥有使用权或者经营权，而且应该拥有一定的所有权，这个问题要在理论和实践中寻求解决。核心问题是土地承包权的性质问题。我国农民土地承包权从“长期不变”，到十七届三中全会提出的“长久不变”，是有深刻内涵的，它表明，农民的土地承包权是一种不能随意被剥夺或收回的权利。这个权力绝对不是一般意义上的，如房屋租赁或工程项目承包的权利，也不是本地人或外地人来承包流转土地的那种承包权利，那样的承包权实际就是一种经营权或使用权。我国农村社区农民拥有的土地承包权却有两种含义。一是经营权（使用权），二是所有权，但不是完整的所有权，而是农村土地集体所有的所有权在农户和集体之间的一种分割。由于是一种分割，因而具有集体和农户混合所有的性质。如果能在理论上很好研究这一问题，我们可以找到我国农村土地集体所有制的理想实现形式，那就是通过混合所有制的形式来实现。接下来需要讨论的是土地产权分离后的交易问题。农村土地三权分离已经有了，也就是说产权已经分离了，那么产权能不能实现，还取决于分离的产权能否可交易。不能交易，再明确的产权也没有价值。目前，我国农村土地在产权明晰或明确方面观点还不很一致，而在土地产权交易问题上分歧就更多了。在国家的法律或文件中，都讲农地承包经营权的流转和抵押，这一表述的模糊性非常大，到底是什么权利的流转和抵押，并不明确。从现实农民土地流转和抵押的角度来看，基本上都是土地经营权或使用权的流转和抵押，包括很多地方的土地制度试点改革，如嘉兴、成都等，基本上都是土地经营权或使用权的流转和抵押，很少有农民在流转中是把承包权也流转的，他们交易的是承包土地的使用权或者经营权，但是我们的文件却统称为承包经营权。这表明，农村土地三权是分离了，但三权的交易却没有得到很好的体现，核心是承包权的交易没有得到很好体现，这不是农民不愿意交易承包权，而是没有承包权的交易市场，这就大大降低了农民土地权益的实现程度。目前的农民土地承包权的交易只有在土地征用时才能得到一定程度的体现，除此之外，几乎没有交易通道。

　　只有土地经营权或使用权的交易，而没有土地承包权的交易，不仅会影响农民土地权益的实现，而且也不利于农村劳动力的有序流动和进城农民的市民化，进而影响城市化的进程和城市的健康发展。这是因为，即使农民不种地，在城镇务工经商，如果其土地承包关系不能得到很好解决，在现行法律和政策环境下，他就不可能放弃其土地承包权，进而也不可能彻底退出农村。因此，即使城市不断改革其户籍制度，也不可能从根本上解决进城农民的市民化和完全融入城市的问题。因为城市户籍制度改革只能解决外来人口的公共权益平等问题，而我国的城乡二元结构是两个不平等，一是公共权益城乡二元，二是财产权益城乡二元。仅解决基本公共权益的城乡二元问题是不够的，还必须同时解决城乡二元财产权益问题，而这要通过农村的产权制度改革来解决。土地是农民财产权利的重要组成部分，如果土地三权分离后的三权交易不能得到实现，那么，即使城市解决了进城农民的基本公共权益问题，这些农民仍然不可能真正转变为城市居民，仍然是游离于城市和农村的两栖人口，这显然对城乡要素的合理配置，工业化、城镇化和农业现代化的协调发展以及城乡社会的有序与稳定，都是很不利的事。