实践中，虽然大多数地方成立了村集体经济组织，但功能虚化、弱化，被村委会替代的情况十分普遍。此外，由于立法缺失，实践中多数农村以是否具有集体经济成员身份，甚至是否承包经营耕地来确定村民社会权利。加之农村社会保障水平仍较低，耕地承载的社保功能尚未完全消退，造成农民对土地流转顾虑重重，即使无耕种意愿和需要也不愿流转，以防社会权利受损，成为耕地流转和规模经营的阻碍。

　　耕地保护的权利和义务失衡

　　中央政府“有管制、无激励”，难以有效激发耕地保护主体的积极性。中央政府既要保护耕地又要发展地方经济，目标之间存在冲突，导致全国层面的耕地保护缺乏有效的统一规划，加之耕地保护框架未纳入外部性，对保护主体的激励和约束不相容，中央政府对地方政府、农民等的耕地保护行为缺乏有效监督，致使中央有些政策措施不仅没有纠正耕地保护中的市场失灵，反而更加扭曲了市场。

　　地方政府“有责任、无动力”，GDP导向下耕地“农转非”是必然结果。地方政府耕地保护绩效未直接与所享权利及政绩考核挂钩：在数量保护上，地方政府对基本农田的划定与保护情况没有与农用地转用指标量对等；在质量保护上，中低产田改良及土地整理、复垦、开发数量完成与否，不影响其享有新增建设用地收益；超额完成耕地保护任务的也无法享受到额外补偿、奖励或政治加分。因此，耕地保护的高成本、低收益和激励约束机制的不完善，导致地方政府更多注重通过发展经济，增加职务升迁等；凭借供地“垄断权”违法用地，在耕地保护方面出现“逆向行为”。

　　农民及农村经济组织“无责任、无动力”，产生个体与集体理性冲突。农民及农村集体组织在法律层面上并不是耕地保护的主体。农民在征地中没有参与权和监督权，不能作为独立市场主体讨价还价，也很难对政府与村集体的违法用地进行监督。他们最关心经济收益，只要补偿足够，就不会考虑耕地保护。法律对农村集体组织耕地保护的责任仅限“义务”与“鼓励”，无法激发其保护耕地的积极性。农村集体组织受农地非农化巨大利益诱惑，也产生很多违法用地行为。

　　耕地利用效率低水平徘徊

　　一家一户分散经营抑制了先进农业生产力应用和农业适度规模经营。当前，我国农业生产仍是停留在一家一户的、分散的小规模经营占主导地位的经营模式，现代农业生产技术，特别是农业高新技术难以充分推广应用。

　　我国农业经营仍主要依赖几千年来世代传承的耕作方式，难以适应农业现代化要求农业主体不断专业化、职业化、组织化、社会化的要求。随着农民对土地的农业经营利益依赖不断降低，“农民老龄化”、“耕种副业化”、“有地不愿耕”等问题日益突出，以出身确定的“世代农耕”制度正在逐渐动摇，但有利于农业经营主体向专业化、职业化方向发展的制度机制还没有真正建立起来。

　　“统分结合”的农业经营体制中“统”的制度红利尚未有效释放。以家庭联产承包为主的责任制和统分结合的双层经营体制，总体上适应我国农业特点和生产力发展水平。但长期以来主要发挥了“分”制度作用，在“统”的层面上进展不大，农业经营未能随生产力发展走向适度规模化。因此，如何把农村基本经营制度中“统”的制度红利释放出来，是破解我国农业现代化难题的关键。

　　解决城乡二元结构

　　“两栖占地”问题

　　让农民真正“离村进城”，是破解城镇化中“两栖占地”和过度占地的核心。城镇化中，只有让农民真正进入、融入城市，完全退出农村，解决“两栖占地”问题，将留下的居民点用地通过复垦增加耕地面积，才能缓解城镇化对耕地保护施加的巨大压力，保障粮食安全。因此，农民“离村进城”应包含两层含义，一是农民工真正融入城市，享受与城市居民同等的公共服务和福利待遇，二是农民工真正退出农村，放弃其在农村的土地承包经营权和建设用地使用权。

　　构建“引力－推力”机制，通过合理“城乡利益置换”激励农民“离村进城”。解决农民“离村”和“进城”问题的实质，是通过给予农民适当的城市利益，让其放弃农村的利益，即合理的“城乡利益置换”。因此，首先应厘清所置换的主要利益。总的来看，利益置换的核心要素是农村的集体经济组织成员权、土地承包经营权、宅基地使用权，以及城市的住房、适当的城市社保补偿、子女就学等，当然非经济因素也是需要合理解决的。即以城市稳定就业为前提，通过在城市给予农民适当的居住条件、养老、医疗的社保补偿激励、解决子女就学等，形成吸引农民进城的“引力”；同时，附加必要的“推力”条件，要求农民在获得相应城市利益的同时，以放弃农民身份、退出集体经济组织、放弃土地财产权益、退出宅基地等为条件，形成让农民感觉“利大于弊”的合理利益置换，由农民自主判断、自愿选择放弃农村利益进入城市。