十八届三中全会提出，要破除城乡二元结构，健全城乡发展一体化体制机制，并提出了一系列改革措施。其中，对备受关注的农地制度改革，会议提出必须在坚持和完善最严格的耕地保护制度前提下开展。近年来，随着工业化、城镇化快速发展，我国耕地面临数量持续减少、质量呈下降趋势、生态环境日益恶化、后备资源有限的严峻形势，如何在新一轮城镇化中有效保护好耕地，是当前开展土地制度改革、推进城乡一体化必须面对的重大课题。

　　粗放城市发展模式

　　造成耕地数量过度下降

　　城乡二元分离的城市化模式导致农民工“两栖”占地现象长期存在并不断加剧。城乡二元结构长期存在使进入城市的广大农民工被城市边缘化，面临住房、就业、子女教育、医疗等的制度性障碍。如果农民工选择改变户籍永久迁移，必然失去农村土地使用权，以及土地所提供的稳定保障。他们不愿放弃农村的耕地和宅基地，就形成大量农民“既进不了城，也离不了村”的“两栖”占地现象。导致城市化不仅没有缓解耕地减少的压力，反而加剧了建设用地和耕地保护之间的矛盾。

　　城市发展片面强调产出效益总数，导致经济增长对土地要素过度依赖。据国土资源部统计，1990~2004年，全国城镇建设用地面积由1.3万平方公里扩大到3.4万平方公里；同期，41个特大城市主城区用地规模平均增长超过50%；城市用地规模增长弹性系数高达2.28，而国际上公认合理系数为1.12，土地资源丰富的美国也仅为1.6。由于只片面强调产出效益总数，土地就被作为生产要素的重要构成部分，以实现城市规模扩张，促进产出效益的提高。

　　地方政府直接参与和垄断土地一级市场，土地成为城市发展的“发动机”。突出表现在依靠土地的宽供应和高耗费来保障高投资，政府通过廉价土地招商引资推进工业化，依靠土地抵押和融资推进城市化，按农业产值的原用途补偿和经营性用途的招拍挂出让，获取巨大预算外收入，地方政府预算外财政对土地出让收入的依赖越来越大。

　　耕地难以有效保护利用的制度根源

　　对不同市场主体的财产给予平等保护是市场经济的一条基本原则。虽然，《物权法》宣示了国有土地和农村集体土地的平等保护，但除此之外，有关法律法规对集体土地所有权的过度支配、干预和限制并没有去除，对耕地集体所有权仍存在过度支配、限制，造成农地所有权内容模糊、残缺，使农地集体所有制实质上成为一个空洞的概念。

　　耕地产权主体多元化，导致“乡、村、组”三级主体耕地保护的权责不清晰。我国《宪法》、《物权法》、《土地管理法》等虽然都对农土产权主体做了规定，但并不统一，存在产权主体“多元化”现象。农地属于农民“集体所有”包括三个层次，即小组农民集体、村农民集体和乡（镇）农民集体。农民集体为何种民事主体，农民集体所有权依据何种民事规则得以确立、以何种规则行使此所有权，令人颇为困惑；到底谁是集体，立法也未明确。这实际导致产权主体缺位，而主体缺位又给非法转让或侵占农民集体所有土地的行为提供了制度空间。

　　土地承包经营权内容不完整，弱化了耕地保护能力，限制了耕地自由流转。一是土地承包经营权内容模糊，导致耕地流转中权利义务难以准确界定。一方面，对农民获得土地承包经营权的原权利规定缺失，仅仅指出农民依据集体成员身份取得，但这一身份的具体权利内容，法律并未明确。实践中造成土地承包经营权等同农民对集体土地所享有的权利，农民放弃承包权等同于放弃集体土地所有权相关利益；另一方面，对农民处分承包经营权（流转后）属于何种权利，实践中存在债权和物权的争议，这是土地流转过程中纠纷多发的重要因素。此外，耕地承包经营权流转抵押范围受限，阻碍了耕地资源和农民流动，弱化了耕地的财产属性。

　　村民自治组织与集体经济组织的职能交叉重叠，阻碍耕地资源市场化配置。村委会和村集体经济组织是农村最基本的社会组织，前者是农村群众的自治组织，后者是具有独立进行经济活动自主权的经济组织，两者不存在隶属关系。但《村委会组织法》规定：“村民委员会依照法律规定，管理本村属于村农民集体所有的土地和其他财产，引导村民合理利用自然资源，保护和改善生态环境。”据此，村委会在集体资产管理中可取代村集体经济组织。