试验表明，土壤含水量与杀菌杀虫的效果密切相关，过低达不到杀菌杀虫的效果。一般达到田间持水量的70%效果最好。所以，闷棚前一定要大水漫灌，使土壤形成缺氧环境，更加有利于杀灭病虫草害。同时，浇大水还能把土壤盐分带到土壤深层，起到降低土壤盐分含量的作用。

经过高温作用，不管是有害菌还是有益菌，大部分都会被杀死。因此，高温闷棚结束后应适当增施生物菌肥或生物有机肥，以增加土壤有益菌群，保护根际环境，增强植株的抗病能力。特别需要提醒的是：生物菌肥或菌剂，一定不可在高温闷棚前施用，一定要在高温闷棚后施用，否则有益生物菌会被闷棚时的高温全部杀死。