1.彻底清除病残体。疫腐菌在病残体的土壤中越冬，所以彻底清除病残体，及时清除落地病叶、果实，随时摘除树上的病果、病叶集中深埋，是一项重要措施。

2.由于疫腐病菌在土壤中越冬，翌年以雨水飞溅为主要传播方式接种浸染，所以果实地面盖草或覆膜等方法，防止雨水飞溅可避免侵染减轻为害。

3.加强土肥水管理，提高树体抗病力。秋施基肥时，应加大有机肥用量。生长期叶面喷肥不少于五次，前期以氮、磷、钾、锌、硼、钙为主，中后期以磷钾肥、中微量元素肥为主，提高叶片光合效能。

4.改善果园生态环境，排除积水，降低湿度；适当抬高主枝高度，提高结果部位，减少枝条密度，改善树冠通风透光条件。另外浇水时发病地块的水禁止流入未发病地块，防止串灌水引发浸染。

5.土壤消毒。发病严重的果园翌年春季结合浇水每亩用1kg克菌丹+1kg硫酸铜钙兑细土撒施地表，铁耙浅搂后浇水，消灭越冬菌源。

6.化学防治：苹果疫腐病的防治应遵循防重于治的原则，在5~6月病害大发生前，可在地面喷施100倍液硫酸铜或硫酸铜钙，以喷湿地面为准；在苹果落花后至套袋前喷药防治，重点是1.5m以下高度的果实，可使用50%烯酰吗啉2500~3000倍液，或69%烯酰锰锌72%甲霜锰锌或50%克菌丹800倍液，间隔7~10天再喷1次。第一次喷药防治时除树上全面喷药外，地面也均匀喷药，减少土壤残菌。苹果套袋后喷洒85%甲霜灵或波尔霜脲氰800倍液。当侵害树体根颈处时，使用100倍液硫酸铜或硫酸铜钙浇灌。