果实受害后，果面产生不规则、边缘不清晰的褐斑，渐及全果，呈不均匀红褐色。部分果皮与果肉分离，外观似白蜡状。果肉及心皮部变褐，病果不变形，有弹性，极易脱落，最后失水成僵果。多年生枝条病果多，病果裂口或伤口处有白色菌丝体。

如根颈受害时，皮层变褐腐烂，病斑环状割裂后，地上部枝条发芽迟缓，叶小色黄，最后枯萎，引起死株。

叶片受害产生不规则的灰褐色或暗褐色病斑，水渍状，多从叶边缘或中部发生，湿度大时病斑迅速扩展使全叶腐烂。

苹果疫腐病为一种土传病害，喜好潮湿环境，随雨水传播，降雨或浇水会传播蔓延，果实在整个生育期均可染病，6~8月发病最多，每次降雨后，都会出现侵染和发病小高峰。因此，雨多、降雨量大的年份发病早且重，高温、多雨天气则会引起病害流行。田间表现具有爆发性，雨后感病1~2天会蔓延整个叶片，2~3天下部叶片多数感病。尤以距地面1m的树冠下部及近地面果实先发病，且病果率高。