尿素在生产过程中，常产生少量的缩二脲，当缩二脲含量超过2%时就会对种子和幼苗产生毒害，这样的尿素进入种子和幼苗中，会使蛋白质变性，影响种子发芽和幼苗生长，故不宜作种肥。若必须作为种肥施用，要避免种、肥接触，并控制用量。

尿素属酰胺态氮肥，它要转化成氨态氮才能被作物根系吸收利用，转化过程因土质、水分和温度等条件不同，时间有长有短，一般在经过2～10天才能完成，若施后马上灌排水或旱地在大雨前施用，尿素就会溶解在水中而流失。一般夏秋季节应在施后2～3天才能灌水，冬春季节应在施后7～8天后浇灌水。