细菌性角斑病：在选用抗病品种、加强栽培管理、科学通风散湿的基础上，主要抓住两个环节：一是种子消毒，可用55℃温水浸种15分钟，或冰醋酸100倍液浸种30分钟，或次氯酸钙300倍液浸种30～60分钟，或40%福尔马林150倍液浸种1.5小时，而后用清水洗净催芽播种。二是及时喷药防治，发病初期用72%农用链霉素或100万单位新植霉素4000倍液，或每克含1.5亿活孢子木霉素可湿粉500～600倍液等喷雾，每隔7～10天喷1次。也可用5%百菌清粉尘剂每亩1千克喷粉。

　　枯萎病：采用黑籽南瓜作砧木进行嫁接育苗，是目前推广的主要防病措施。发病前或发病初期用4%农抗120或50%多菌灵、70%甲基托布津、25%抗枯宁400～500倍液灌根，每株灌0.3～0.5千克，10天灌1次，连灌2～3次。

　　霜霉病：霜霉病发展极快，一旦发现病斑，应及时摘除病叶，并喷药防治。可选用25%瑞毒霉可湿性粉剂800～1000倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500～600倍液、或72%霜脲·锰锌可湿性粉剂600～800倍液、72.2%普力克水剂800倍液等喷雾，每7～10天喷一次，交替使用，效果更佳。或用45%百菌清烟剂每亩200～250克，分放在棚内4～5处，用暗火点燃，密闭大棚进行烟熏，次日早晨通风。也可用5%百菌清或10%防霉灵粉剂每亩1千克在早晨或傍晚进行喷粉。

　　灰霉病：注意通风排湿，控制水分，及时摘除病花、叶、果深埋。发病初期交替选用50%腐霉利1500倍液、65%甲霉灵1000倍液、40%嘧霉胺悬浮剂800～1000倍液喷雾，7天1次，连用2～3次。或用百菌清烟剂每亩250克熏烟，或在傍晚喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩1千克，每10天左右1次。

　　白粉病：选用抗病品种，加强通风透光，控制好温湿度。发病初期用25%粉锈宁可湿性粉剂1500倍液，或25%腈菌唑可湿性粉剂3000倍液喷雾。也可用百菌清烟雾剂或硫磺粉熏蒸。

　　黑星病：在加强栽培管理、及时通风散湿的基础上，主要应抓住两个方面：一是种子消毒，可用55～60℃的温水浸种15分钟或50%多菌灵可湿性粉剂5000倍液浸种20分钟，而后冲洗干净催芽。二是药剂防治，从发病初期开始喷药，7天1次，一般连喷2～3次即可有效控制该病的发生危害。常用有效药剂80%代森锰锌可湿性粉剂600～800倍液或50%多菌灵可湿性粉剂600～800倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂800～1000倍液等。

　　疫病：棚室黄瓜疫病主要危害地面上下的茎蔓部分，导致植株突然死亡。造成该病发生的主要原因是茎蔓基部长时间过湿，所以防治时只要采用高垄、地膜栽培，实行膜下浇灌，避免茎蔓接触流水，即可基本控制其发生危害。发现中心病株及时拔除，用25%甲霜灵600倍液，50%乙膦铝·锰锌或64%恶霜灵·锰锌400倍液，72%霜脲·锰锌或70%百菌清600～800倍液等喷雾防治。

　　炭疽病：选用抗病品种，轮作倒茬，种子消毒(用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸泡种子1小时，用水漂洗干净，或用55℃温水浸种15～30分钟，晾干后播种或催芽播种)，增施磷钾肥，及时通风排湿。发病初期，及时清除病叶，选择下列农药喷洒：70%代森锰锌可湿性粉剂300～500倍液、50%福美双可湿性粉剂500～800倍液、50%甲基托布津可湿性粉剂800倍液、80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1200倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液等。还可采用45%百菌清烟剂每亩200～250克，5%百菌清粉尘剂或5%烯酰吗啉粉剂每亩1千克进行防治。烟剂、粉尘剂应于傍晚关闭棚室后施用，第二天通风。喷洒药液、施用烟剂、喷施粉尘剂可单独使用，也可交替使用。两次用药间隔一般为7～10天，用药次数视病情而定。

　　根结线虫病：轮作换茬，深耕翻晒，及时清除病残体。发病初期用50%辛硫磷乳油1500倍液或90%晶体敌百虫800倍液灌根，每株灌药液250～500毫升即可。定植后也可用1.8%的阿维菌素乳油，每平方米1毫升，稀释1000倍液灌根1～2次，间隔10～15天，防效良好。噻唑膦目前应用最为广泛。