1、农业措施：因地制宜选用抗病良种。进行轮作倒茬。清除田间病残体，深耕深翻，集中销毁病原，加强田间管理，增强植株抗病力。适时播种（一般应在5厘米耕层地温稳定通过15摄氏度以上方可播种），争取早出苗，一次全苗。
2、化学防治：药剂处理种子，种子经筛选、风选扬净杂质和秕粒后，用多菌灵、三唑酮等杀菌剂拌种处理可大大降低丝黑穗病的发病率
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