立枯病：发生严重时会造成成片幼苗倒苗死亡。可将病株拔除，周围撒施石灰粉消毒杀菌；幼苗出土后，用1︰1︰120波尔多液加新高脂膜500倍液预防，或用50%多菌灵1000倍液浇灌， 也可用65%代森锌600倍液加新高脂膜800倍液喷施防治。7～10天喷1次，连用2～3次。 
　　叶斑病：病斑生于叶上，初期呈椭圆形、近圆形或不规则形。病斑边缘有黄褐色晕圈，中央呈白色，直径1～11毫米，后期病斑连成片。喷施春雷霉素400倍液使病菌菌丝无法生长；用金歌1500倍液、多菌灵800倍液、易保1000倍液结合新高脂膜500倍液喷施对病原菌菌丝生长抑制率达61%以上。 
　　疫病：草果成株期至结果期发病，病株根状茎部呈水浸样腐烂，导致植株死亡。用易保1000倍液加新高脂膜喷施，可使病菌菌丝无法生长；用百菌清600倍液、易保500倍液、春雷霉素400倍液结合新高脂膜喷施，对病原菌菌丝生长抑制率可达60%以上；哈茨木霉不同菌株，对草果疫病病原菌有很好的抑制力。 
　　虫害：主要为钻心虫，以幼虫钻入茎内为害，严重时造成枯苗。发现钻心苗应及时割除，并喷施50%杀螟松乳油800～1000倍液加入新高脂膜500倍液防治。