随着气温的降低，棚室内地温也将逐日下降，同时各种根部异常也会有不同程度的发生，(以西红柿为例)———枯萎病、根腐病、青枯病和根结线虫是根部比较常见的几种病害。除此之外，蔬菜上发生的多种缺素症和疑难异常情况也都与根系的吸收有关系。
　　青枯病　　青枯病发病症状：从外表上看，青枯病最主要的特征就是植株萎蔫。发病后表现为好天的白天顶上部萎蔫，以后下部传染到中间，也有的一侧枝先萎蔫，也有的整株萎蔫。出现萎蔫症状的西红柿，假如削开它的茎基部，可以清晰的看到，里面的维管束已经变成了褐色。正是由于这些维管束遭到了破坏，使养分和水分无法正常向上输送，才会使西红柿出现了萎蔫现象。专家指出，西红柿青枯病如果不能及时治疗，就会在反复萎蔫几次之后，出现死棵，给菜农带来很大的损失。对付西红柿青枯病，最好的办法是使用药剂灌根。
　　枯萎病　　发病症状：该病为维管束病害，多在定植后开始表现，发病初期，距地面较近叶片发黄，最后变褐色枯死，枯叶多残留在茎上不脱落；也有发病初期，在茎的一侧叶片发黄，另侧叶片色泽正常；也有个别枝上叶片，半边叶片发黄，另半边叶片正常。发病严重时，病叶由下向上扩展，最后仅残留顶端数叶片外，其余均枯死。发病轻的，只距地面较近叶片黄叶外，其余均正常，开花、结果与健株别无差别。病株根部褐色腐烂或局部坏死。剖视茎基部维管束黄褐色。　　该病与西红柿青枯病症状主要区别在于植株得病后叶片枯黄。潮湿时常在茎基部生粉红色霉状物(病菌分生孢子)。　　发生发展规律：地温28℃左右时最易发病，土壤含水量高或土壤根结线虫多，由于根部发育不良，造成伤口，有利枯萎病发病。病菌只侵染西红柿，连作地，病菌数量逐年增加，病害发生重。
　　根腐病　　发病症状：该病危害茎基或根部。初发病产生褐色斑块，逐渐扩大后凹陷，严重时病斑绕茎基部或根部一周，致使地上部逐渐枯萎。纵剖病部，可见导管为深褐色，后根茎腐烂，不长新根，植株枯死。　　发生规律：据有关资料说明，根腐病的病菌随病株残体在土壤中越冬，亦有可能在未充分腐熟的堆肥中越冬，翌年产生大量分子孢子经雨水或灌溉水传播为害，在高温、高湿或地温偏低时利于发病。西红柿定植后如遇地温低、土壤湿度过高，且持续时间长，或连续阴雨大棚内未能及时通风，形成棚内温度高、湿度大，特别是大水漫灌后，通风不及时，会导致该病的发生、流行。
　　根线虫　　为害症状：主要发生于西红柿的须根及侧根上，切开根结有很小的乳白色线虫藏于其中，根结上生出的新根会再度染病，并形成根结状肿瘤，发病严重的植株形态矮小，发育不良，甚至早衰枯死。在土温为25-30℃，土壤含水量为40%时，病原线虫发育非常快，10℃以下时，幼虫停止活动。它的分泌物刺激细胞增生，形成根结或瘤状物。土势干燥、土壤质地疏松的日光温室适宜线虫活动，故发病严重；连作发病重。此线虫多分布于蔬菜根部所在区域，在3～10厘米的表土层。