菜心在夏秋生长过程，其抗逆性较好，虫害危害严重。主要害虫有黄条跳甲、蚜虫、菜青虫、斜纹夜蛾、甜菜夜蛾等。由于菜心生长期短，而菜薹的整个发育期也只有10～15天。因此，只有对农药的使用要求更高、更严格，才能生产出符合标准的无公害菜心。一般来说，应提倡使用生物防治方法如人工捕杀虫、卵，使用生物农药如BT乳剂等。使用化学农药时则必须在现蕾时，严格按标准和要求，使用50%敌敌畏800～1000倍或40%乐果1000～1500倍或50%辛硫磷1500～2000倍或10%氯氰菊酯4000～6000倍或10%敌杀死1250～2000倍或20%速灭杀丁3000～6000倍等高效低毒农药，且每种农药最多使用一次，在采收前15天以上停止用药。防治方法参见前面小白菜和大白菜部分。