良好的浇灌方法，能使土壤水分和空气得到合理调节，不产生地面渗透和深层渗漏，既能保持良好的土壤结构，又能节约用水，提高水分的利用率。
　　1.浇水（穴灌）法：是最普遍适用的方法，移栽保苗或水源不足，运输不便的丘陵地，持续干旱时普遍采用人工浇水，每次每塘浇水1～1.5千克，每公顷需水60平方米。人工浇水具有省水，地温变化小的特点，有利于根系生长。
　　2.沟灌法：采用分段灌水法，以水距土高面6～10厘米为佳，吸湿后及时排出。其优点是水沿着沟向两侧渗透，仅沟底部分的重力作用浸润土壤，土壤不板结，土壤中水分、空气、养分较协调。一般沟灌一次需水量每公顷为150立方米左右。沟灌的时间，地温低时，中午为宜，天气热、温度高时以早晚为优。
　　3.喷灌法：喷灌是节约用水，提高水利用率的灌溉技术。具有节水、省工、增质、经济效益高的优点。喷灌后土壤板结层簿，土壤容重减少，孔隙度增大，土壤通气性好，有利于根系生长，还能改善烟田小气候，为烟株生长创造良好的条件。喷灌还有减少病原传播。降低蚜虫和烟青虫的危害。
　　喷灌的技术要点：首先要掌握好水滴大小和喷灌强度，注意喷水强度与土壤透水性相适应。其次是喷灌的均匀度，注意供喷水范围内水的分布均匀一致。喷灌时不宜在炎热和大风天进行，晚间喷灌效果优于白天。
　　4.滴灌法：是最理想的灌水方法。它是用出口水很小的滴头，滴落带，将水一滴一滴均匀而缓慢地滴在烟株根部附近的土壤中。据研究滴灌比沟灌节水50％～80％，还能减轻花叶病，赤星病的发病率和病情指数，达到增产、增质、增收的目的。在丘陵地区和偏干旱地区是很有前途的节水灌溉技术。
　　烟田排水
　　云南烟区烤烟大田生长期时逢雨季，降水量多，要做到抗旱不忘防涝。为此要注意疏通排灌沟渠，保持烟田边沟腰沟比子沟（畦沟）深3～7厘米，降雨后能及时排出，做到沟无积水。若土壤水分过多呈饱和或过饱和状态时，土壤空气缺乏，气体交换受阻，根系不能正常进行呼吸，生长发育受阻。特别是烟株受淹后会出现不同程度的萎蔫，严重时死亡等现象。
　　烟株受水害的程度取决于渍水时间的长短，淹水时间越长，烟株受害越严重。