因此，在现实选择中，大城市一般不敢在制度创新上领先于中小城市和镇。相反，中小城市和镇则面临的上述压力要小得多，城市扩容的空间也较大，而且中央政府也希望先在中小城市和镇进行试点，待条件成熟后再推广到大城市。所以中小城市和镇的制度创新进程相对更快。

　　从迁出迁入地看，情况较为复杂。从理论上讲，以迁出为主的地区，市民化压力不大，而且还能从迁出农业劳动力的市民化中获取更大的外部性收益，如迁出农业劳动力的汇款，返乡创业等都能够带动迁出地的经济发展，因此以迁出为主的地区应该在制度创新中更加主动；而以迁入为主的地区，市民化压力较大，制度创新的阻力应该更大。但是，从制度创新的实践看，情况刚好相反，以迁入为主的地区的制度创新却快于以迁出为主的地区。其中可能的原因是，以迁出为主的地区往往是经济欠发达地区，以迁入为主的地区往往是经济发达地区，而经济发达程度可能对制度创新的影响更大一些。

　　政府应是全局利益的代表者

　　协调城乡二元制度内部冲突的基本思路应该是：通过利用现代社会科学与自然科学所积累的知识与技术，加强制度调研，全面、科学、客观地认识城乡二元制度内部诸制度的制度关联和相互依赖关系，准确预判各种可能的冲突，统筹兼顾，整体设计，最大限度的实现制度之间的协调，从制度创新的源头上消除制度冲突的可能性。

　　同时，加强新制度实施中的跟踪和调研，及早发现制度冲突，并按照上述制度创新的要求及时进行事后补救，最终达到实现制度协调。

　　针对造成制度冲突的原因分别选择相应的对策。具体包括：

　　第一是针对改革目标选择冲突的协调。这可以从三个方面来具体作出相应的政策选择：一要建立利益冲突协调机制，包括利益表达机制、利益协商机制、利益获取机制和利益补偿机制等，以缩小不同利益主体的制度创新净收益的差距，协调利益差别，从而减小冲突的程度；二是要充分发挥政府在改革中的作用，确保制度公正。在改革目标选择中，政府必须要发挥其作为全局利益的代表者、协调者，从全局出发，统筹兼顾各方利益，确保制度不是服务于特权阶层，确保制度创新不为强势人群所左右，成为少数人维护和扩大自身利益的工具；三是要发展农会、工会等组织，提高组织化程度，改变农民和农民工的弱势地位。

　　第二是针对改革进程快慢冲突的协调。在改革的过程中是有时滞的，也就是说在潜在利润出现和使潜在利润内部化的制度创新之间存在一定的时间间隔。

　　中国的改革是一种渐进式改革。因此，改革所经历的时间间隔可能会很长，而且时间间隔长短也会有很大的差异。如制度创新的主体能否发现潜在利益，对潜在利益大小的判断，以及发现潜在利益所需要的时间成为重要制约因素。新的改革方案的提出和方案的评估、选择也可能会因认知方面的原因而需要很长的时间。再者，各个过程的转换和衔接单纯靠民间力量和地方政府与组织可能也需要更长的时间。因此为了缩短时间间隔，需要中央政府发挥其组织和引导作用，如帮助潜在利益的发现，参与新的改革方案的提出、评估、选择和实施，并且尽快推动各个过程的转换和衔接。

　　第三是针对改革阶段性重点定位冲突的协调。首先，要根据社会经济发展状况、农民工市民化所面临的主要制度障碍、城乡二元制度各项子制度的利益关系的复杂程度及其在城乡二元制度体系中的地位和作用，明确不同阶段的改革重点。其次，要处理好重点制度的改革与其他制度的关系。由于城乡二元制度内部子制度的制度关联性和相互依赖性很强，因此在某个阶段除了需要对重点制度的改革外，还需要其他子制度的配套改革，这样才能推进城乡二元制度的整体性改革，避免制度冲突。第三，要加强阶段性重点制度改革的更替和切换。当社会经济状况发生了变化，劳动力转移或农民工市民化的任务或阶段发生了转换，制度创新的重点也要随之更替和切换。

　　第四是针对地区差异冲突的协调。一要加强对地区利益差异的协调。这包括通过制度的整体性设计，尽量从制度上协调地区的利益诉求，以及在制度设计之外对受损的地区进行利益补偿，最终达到利益的基本平衡。二要加强中央政府的统一规划、指导和监督。三要加快欠发达地区经济发展，缩小地区发展不平衡。