城乡二元制度创新的整体方向是一元化，但实际进程却有快有慢。造成制度创新进程快慢的主要原因有两个方面：一是城乡二元制度创新的方式主要采取了诱致性和渐进式的方式；二是不同制度涉及的利益主体不同，利益主体的利益关系的复杂程度和矛盾大小不同，从而利益协调的难度和博弈结果就不同。

　　单纯的户籍制度创新的阻力较小，推进得也最快速。土地制度创新对政府的经济利益的负面影响巨大，又是在组织化程度最小、势力最弱的农民、农民工和组织化程度最高、实力最强的政府之间的博弈，加之农村土地所有权的模糊和承包权弱化的制度产权缺陷，农民和农民工更无法在制度创新中发挥应有的作用，结果农村土地制度创新进程十分缓慢。

　　然而，由于很多地方的户籍制度已经与土地制度、就业制度和社会保障制度等具有实质性福利的制度相脱离，赋予农民工城镇户口显然不能为农民工(或准市民、新市民)带来实质性的福利待遇，所以很多农民工对于是否取得城镇户口并不像制度创新者设想的那样在意。

　　因此，可以预测，在其他具有实质性的制度尤其是就业制度和社会保障制度没有发生重大创新之前，制度创新的冲突就会持续下去，不仅使农民工市民化的意愿难以提高，而且使农民工市民化能力也难以提高，从而农民工市民化状况就难以有所改观，制度创新的整体实效就难以提高。

　　在城乡二元制度体系中，户籍制度是核心，其他制度主要是嵌入户籍制度之中的。因此，这些制度对农业剩余劳动力转移的影响方式是不同的，在不同的阶段，这些制度的作用也是不同的，从而制度创新的重点是不同的。

　　在农业剩余劳动力转移的第一阶段，城乡户籍制度的形式化障碍的影响更大，而在农业剩余劳动力转移的第二阶段，即农民工市民化阶段，土地制度、就业制度、社会保障制度的隐性的、实质性的障碍的影响更大。

　　所以在第一阶段，应该以户籍制度创新和取消以户籍制度为基础的行政门槛为重点；在第二阶段，就应该以土地、就业、社会保障制度创新和消除农民工市民化的经济门槛为重点。

　　而在实践中，却存在均衡用力，甚至选错了制度创新重点。如第一阶段的制度创新基本上选对了重点，在户籍制度创新和消除行政门槛方面取得了重要突破，基本上为农业剩余劳动力第一阶段的转移清除了制度障碍。但是，在第二阶段，很多地方的制度创新重点仍然放在户籍制度方面，甚至将给予农民工城镇户口和农民工市民化划等号，而在其他关键制度的创新上重视不够，导致这些制度创新进展不大甚至停滞不前。

　　制度创新存在地区差异

　　由于我国地域广阔，地区经济发展差距明显，目前我国城乡二元制度创新主要是在国家宏观指导下由地方推动和实施的。由于各个地方在经济发展程度、人口压力、地方政府和企业承担市民化社会成本的能力等方面存在着很大的差异，这样一来，就在客观上造成了不同地区尤其是经济发达地区和经济欠发达地区、大城市和小城市、迁入地和迁出地之间的制度差距和制度冲突。

　　从经济发达程度看，经济发达地区的就业机会较多，政府财政较为充裕，企业发展较快，盈利能力也较强，从而政府和企业对市民化的社会成本支付能力较高，再加上经济发达地区对劳动力的需求大，如果不能妥善解决农民工市民化问题，农民工会选择用脚投票，造成当地劳动力供给不足(如“民工荒”)，影响当地经济发展，而且不善待农民工可能还会面临一定的社会谴责和来自中央的压力。因此经济发达地区的制度创新进程相对更快。

　　而经济欠发达地区的就业机会较少，政府财政较为紧张，企业发展缓慢，盈利能力也较低，从而政府和企业对市民化的社会成本支付能力较低。因此，相对于经济发达地区，欠发达地区的制度创新进程较为落后。

　　从城市大小看，一般情况下，中小城市和镇的制度创新进程要领先于大城市的制度创新。大城市支付农民工市民化的经济成本的能力更高，制度创新应该领先于中小城市和镇。但是，如果大城市的制度创新领先于中小城市和镇，率先允许农民工市民化，那么将有大量的农民工涌入大城市，这将使大城市面临很大的人口压力、交通压力、基础实施压力、环境保护压力，对城市承载力构成了严峻的挑战。