目前，建立新型农村合作医疗（（以下简称合）制度，已成为新形势下党中央、国务院为切实解决“三农”问题，统筹城乡、经济社会协调发展的重大举措。
当前合制度的现状
合制度作为农村医疗保障制度的重要组成部分，由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度，主要解决农民看病难、看不起病问题，自2003年实施以来，其成效显著：
（一）农民参加合的热情较高。合作为一种互助共济制度，农民参加的人数越多，社会化程度就越高，其参合率也就越高，新型合作医疗制度已为农民广泛认知。
（二）农民认可当地的乡村医疗机构。在对三个乡村，200多农户的调查显示，95.9%的农民看病首选乡村医院。被调查的农户中，有56.6%的农户首选村合作医疗卫生室，有39.3%的农户患病后首选乡镇卫生院，1.2%的农户首选县城医院，2.9%的农户首选个体医生。
（三）合保障水平得到提高。随着农村经济的发展，合保障水平也相应得到提高。一是人均筹资标准相应提高；二是扩大报销范围，将生产过程中发生的农药中毒、蛇虫咬伤等病种纳入报销范围；三是提高报销比例；四是设立大额医疗费用救助基金；五是推行计算机网络“一卡通”工程，凭参保卡可在本地区范围内所有街道社区卫生服务中心和村级社区卫生服务中心（站）即看即报。
当前合制度存在问题及原因
（一）政策制度不够完善。一是没有照顾到日益壮大的流动人口。从农村来到城市的打工者，由于没有城市户籍，而合很可能会要求他们返回原住地去看病，或者回原籍报销；二是一些地方“实行首诊制度”，原则上本着参保者应首先在本乡（镇）卫生院就诊，需转院的也必须由本乡（镇）卫生院同意，否则不予报销。就是经过“合法手续”转院也规定了在其它医院就诊的补偿率一般要低于本镇就诊的补偿率。这些规定限制了农民选择医院的权利，形成相对“垄断”；三是地区宣传方式不当。有些地方把主要精力和工作重心放在了“收费”和完成“参合率”指标任务上，因此，有的农民将其与乱摊派、乱集资等同起来，导致参合率的下降，阻碍合制度运行的进程；四是宣传不够深入。一部分农户对合制度一知半解，影响该制度的发展。
（二）合作医疗经费管理不完善。一是医疗管理机构办公经费不到位，影响工作顺利开展。有的乡镇合作医疗管理机构没有专门拨付的办公经费，有的乡镇合作医疗机构经办机构无专职人员；二是合作医疗对费用的合理控制仍是一个难题。对于合政策和制度一大挑战是费用的合理控制问题。在许多地区大都是被动地报销保户的医疗账单。这种运作模式容易引发医疗供方甚至患者的道德风险，最终很可能导致医疗支出急剧增长。
进一步完善合的思考
第一，完善相关法律，规范合制度的发展。合制度是农村社会保障制度的一个组成部分，国家应尽快出台合方面的法规，以指导农村合作医疗制度的改革和完善。
第二，完善相关具体制度，推进合制度的实施。一是让农民更好地明白合的宗旨所在，坚持自愿的原则，基层干部需要加强对合制度的解释，让参保农民在明明白白的情况下进行参保；二是让农民认识到，合实行的是大病统筹，以保大病为主，适当兼顾小病；三是在筹资方面，主要还是依靠政府，要使合顺利地开展下去，需要政府的大力支持。
第三，完善相关的专门化管理，形成有效的合制度的管理过程。一是加强基金管理。管理好合作医疗基金，把有限的资金用在刀刃上，对增强合作医疗的保障能力至关重要。管好基金，首先要分配好基金，其次是要保证基金的安全运行；二是加强监督。制度的实施还要靠民主监督，以保证其运作的公平性和透明度。在医疗资金使用方面，监督的作用是不可或缺的，否则即使资金充沛，但是不能做到专款专用，则容易导致制度运行的衰弱；三是积极推行乡村两级卫生管理一体化，增加农村卫生的投入。大力推行乡村卫生服务管理一体化，形成以乡镇卫生院为技术指导中心、村卫生室为服务点的农村卫生体系。这既有利于合的推广，也有利于农民对合的利用，更有利于公共卫生服务的开展。增加农村卫生投入。合的顺利实施还需要有硬件配置保障和良好的工作环境，要不断提高其服务能力和水平；四是大力加强村医队伍的建设，建立规范化的培训、准入和稳定机制。将乡村医生的准入条件确定为初级全科医生，其资格限制在村卫生室执业。在大专院校为农村定向或委托培养乡村医生，逐步实现乡村医生的职业化。可考虑实施村医资格动态管理制度，每隔三年或五年由村民定期选举医疗技术和服务水平较高的医生担当，打破目前个别低水平医生长期垄断卫生室资格的现状；五是严格控制医疗费用，切实维护参合患者利益。进一步完善农村药品采购制度，加大行风建设力度，最大限度降低药价，最大限度地让利于农民；六是实行网络化管理。实行信息化、网络化管理，农民就医实行“即医即报”，既增强了资金运作的透明度，降低管理成本，提高管理效率，又避免了人工审核报销的弊端，确保数据准确，方便农民结报，也减少农民往返奔波之苦。