一审完败，都兰绿源公司自然不甘心，向青海省海西蒙古族藏族自治州中级人民法院提起上诉。要求撤销一审判决，查清事实，发回重审，并要求一、二审的受理费由青海开泰公司承担。

庭审中，都兰绿源公司称其收到货后仅对数量和外观进行了检验，并没有对货物的品质做进一步鉴定。都兰绿源公司出具了其单方委托陕西华研检测技术有限责任公司出具《检验报告》一份。

青海省海西蒙古族藏族自治州中级人民法院认为，都兰绿源公司在一审庭审中，对青海开泰公司提交的出库单及明细表中载明的货物数量和价款均无异议。故都兰绿源公司应向青海开泰公司支付货款3374675元。

关于都兰绿源公司认为青海开泰公司提供的有机肥料质量不符合国家标准的上诉请求。法院认为，《有机肥料购销合同》约定货到验收，都兰绿源公司收到货后应对有机化肥的数量、质量等进行检验，但其并未在货到后进行检验，亦未对质量提出质疑而是进行了使用。

法院的判决为：都兰绿源公司支付青海开泰公司有机化肥货款3374675元及利息81152.5元,于判决生效后十日内付清；驳回都兰绿源公司的其他上讼请求；二审案件受理费33797元，由都兰绿源公司负担33747元，青海开泰公司负担50元。

由于不服青海省海西蒙古族藏族自治州中级人民法院的民事判决，都兰绿源公司向青海省高级人民法院申请再审。

本次庭审中，青海省高级人民法院认为，都兰绿源公司在接受货物时仅对供货的数量和外观进行了检验，未严格按照合同约定要求青海开泰公司提供样品并按样品对货物进行验收。双方的合同履行行为均存在瑕疵，这也是本案争议产生的根本原因。其次，在青海开泰公司提供样品和都兰绿源公司也未对货物的相关标准提出要求的前提下，国家相关标准成为衡量青海开泰公司提供货物的唯一标准。

都兰绿源公司提供国家认监委《枸杞有机产品认证试点基本情况总结》，该总结中提到包括都兰绿源公司在内的七家企业检出可能使用化肥，据现场调查，这七家企业在用肥时可能受到误导，肥料出现异常，超出正常值3-4倍。按照上述总结的结论，无法得出都兰绿源公司未通过枸杞有机产品认证，是由于青海开泰公司提供的有机化肥所造成。同时，都兰绿源公司未提交证据证明青海开泰公司提供的有机化肥给其造成了什么样的损失。