水溶性肥料的肥料登记证为农业部颁发，标示为：农肥(年代号)临(或准)字XXXX号，执行标准为：大量元素水溶肥料(NY1107-2010)、中量元素水溶肥料(NY2266-2012)、微量元素水溶肥料(NY1428-2010)、含腐植酸水溶肥料(NY1106-2010)、含氨基酸水溶肥料(NY1429-2010)、有机水溶肥料(执行企业标准)。

目前，水溶性肥料存在的主要问题为：标签上无农业部颁发的肥料登记证号，有些产品用的是省级部门颁发的肥料登记证号；

或标注具有植物生长调节剂等农药功效、夸大宣传产品功能等内容，如“壮根、膨大、抗病、对病害有抑制作用”。