有机肥料的肥料登记证为省级农业行政主管部门颁发，如甘肃省农牧厅颁发，标示为：甘农肥(年代号)临(或准)字XXXX号，执行标准为农业行业标准(NY525-2012)。

有产品包装标识为“精制有机肥”，含氮16%，有机物质60%，实际该产品为味精下脚料制成的劣质有机肥。

微生物肥料的肥料登记证为农业部颁发，标示为：微生物肥(年代号)临(或准)字XXXX号，执行标准为：生物有机肥(NY884-2012)、复合微生物肥料(NY/T798-2004)、农用微生物菌剂 (GB20287-2006)。

当前，微生物肥料市场存在的主要问题是：部分无肥料登记证企业假冒已获证企业登记证号生产;或部分已获证企业随意将肥料登记证号转让给不具备微生物肥料生产能力的企业加工生产；

或微生物肥料包装袋上使用省级农业部门颁发的登记证号;或随意更改包装标识，误导消费者，如：复合微生物肥料，氮磷钾总养分过少起不到应有的效果，过多则影响生物菌的存活；

但有些包装上将氮磷钾总养分标示为40%以上，这种产品明显为假劣复合微生物肥料产品，应谨慎购买。