由于长期超负荷利用、重用轻养，黑土层正在逐渐消失，变为黑土地耕地层变浅；土壤基础肥力下降，土壤养分变化大，比例失衡；土壤容重增加变硬，蓄水保墒能力大大下降；土壤流失严重；土壤盐渍化、沙化、酸化面积不断扩大，中低产田增多等。其中黑土由于土壤微生物区系失衡与活性下降也已成为作物生产的主要限制因子。
今年年初，黑龙江农科院土肥所与世纪阿姆斯签约，就微生物肥料的研发和施用技术，共同在东北地区推广微生物肥料，双方将共同攻克微生物技术在东北地区存在的技术难题。例如东北地区存在大量秸秆，但由于冬季气温低，影响生物菌的活性，秸秆很难通过微生物降解还田。目前双方已携手研发低温下能够快速降解秸秆的秸秆腐熟剂等一系列适合东北地区的微生物肥料产品。