鸡种蛋由种鸡舍或蛋库送入孵室入孵前，应进行预热，以防蛋壳表面凝结水汽而影响孵化率。凝结水汽会将悬浮于空气中的细菌等微生物粘附其上，增加蛋壳上的污染程度。种蛋需码放在孵化盘中送入孵化机中孵化，种蛋在盘中应大头向上放置。同一台孵化机中同时孵有多批种蛋时，每次码蛋时应在蛋盘上做好明显标记，以防错乱。种蛋装入孵化机后，还需应用1-2倍浓度的福尔马林第3次熏蒸消毒30分钟。

种蛋孵化到18-19天时，将孵化机中的种蛋装入出雏盒中，送入出雏机中孵化的工作称落盘。在冬天落盘时应尽量缩短时间，防止晾蛋时间过长。

如果入孵的种蛋是祖代或父母代时，应对雏鸡分别做好记号，防止混群。父母代种蛋入孵时只分父本和母本两种。出雏时可将数量较少的父本公雏断冠以和母本母雏相区别。成年后性别鉴定错误的鸡也可根据记号剔除，不做种用。

祖代种蛋入孵时，A、B、C和D系都要有所区别，可同时应用断冠和断趾两种方法加以区别。例如，可将A系公雏断冠和左脚第2趾，B系母雏断右脚第4趾，C系公雏只断冠，D系母雏不做记号。