鼻气管炎病，解剖后，只发现鼻腔出血肿胀，鼻甲骨出血肿胀呈纺锤样，口腔腭裂内有淡灰色粘液。内脏没有什么明显的变化。
对于变异型新城疫，在解剖上看法不一，临床上表现变化也不是千篇一律不同区域表现有所不同。主要是盲肠扁桃体肿大出现，其它变化不明显，也有某些淋巴弧结出轻微隆起，但是不出血；也有只是十二指肠淋巴岛屿界限明显出现，上面有一个或多个出血点，也有只是盲肠细段黏膜上弥漫性出血。临床上遇到呼吸道病，发现这样的变化，作为兽医应该心中多个问号。用抗病毒药物一个疗程后效果不明显或只是有效，没有控制疾病的迹象的可以再采取本病处理措施。
对于这类顽固性呼吸病，在治疗时候要仔细斟酌，区分出具体发病根源，然后对症用药物。对于并发有真菌病，或患真菌病的鸡群建议用真菌霉素拌料，或真菌净饮水，一天一次，连续24天。对于抗病毒药物，抗支原体药物，抗大肠杆菌药物治疗无效的呼吸道病，我们首先要考虑是不药物本身疗效有问题，如果排除，又没有真菌感染的迹象，我们可以根据鼻腔鼻甲骨肿胀出血定为鼻气管炎病，本病的治疗经过权威机构大量实验证明，只有阿莫西林类和氯霉素类药物有效果，其他任何药物不明显。真菌引起的和鼻气管炎病引起的呼吸道疾病，用了这些专用药物后，应该是1-2天见效，甚至呼吸道症状消失，生产性能在一周后恢复。
对变异型新城疫的治疗，不要用一般的新城疫4系，用了也许有效果，也许没有效果；对于症状严重的，又确诊的确是变异新城疫的鸡群，可以用新城疫1系配合白介素或激活太注射（青年鸡或蛋鸡用，肉鸡不可以用这方案），另外，就是VH 进口疫苗注射或饮水或滴（尤其适合肉鸡）