接种疫苗的第三个缺陷是它对血清学监测造成了影响。在美国经常对禽流感进行血清学监测，是国家家禽改进计划和其他监测程序的重要组成部分，这种血清学监测保证了畜禽免受禽流感的侵袭。现在使用的灭活疫苗能对细胞的结构蛋白产生可检测的抗体，这些蛋白包括基质蛋白和核蛋白，这两种蛋白在琼脂免疫扩散试验(AGID)和酶联免疫吸附试验(ELISA)等一般的抗体检测试验中都可以产生A型特异性抗体。因此，接种疫苗禽类就不能和自然野毒感染禽类区分开了，这降低了血清学监测的作用。

接种禽流感疫苗的第四个缺点是抗原漂移，其血凝素基因积聚性的点突变使疫苗的保护性大大降低。抗原漂移是人、猪和马流感的关注要点，使得疫苗要不断更新。抗原漂移被认为是野毒在宿主体内受到免疫压力所致，接种疫苗或自然野毒感染都可能产生抗体压力，病毒将在压力下进行选择来逃避免疫反应，使得病毒在宿主体内大量复制，产生较高的病毒滴度量^[6-7]。病毒进一步复制，病毒的应变能力增加导致能传播到其他易感宿主。直到现在，人们才认识到禽流感病毒抗原漂移问题的重要性，最近在墨西哥、危地马拉和萨尔瓦多的疫苗试验表明，抗原漂移已经成为一个很严重的问题。

尽管接种疫苗能影响血清学监测，并且不利于国际贸易，但现在仍然认为接种疫苗能更经济有效的扑灭禽流感。在生产实践中为了控制禽流感，要进行血清学监测，重要的是不仅要区分禽流感疫苗感染和和野毒感染，而且必须鉴别疫苗接种的动物是否感染了禽流感^[10-11]。四种不同的鉴别疫苗免疫和野毒感染禽流感的措施就是为了克服这个难题，但是每一种措施都有其各自的优点和缺点，这些策略包括“哨兵家禽”、亚单位疫苗、异源神经氨酸酶和非结构蛋白(NS1)策略。每一种策略必须在其所适用的范围内加以应用^[8-9]。

1　哨兵家禽

使用非免疫的哨兵家禽进行监视，这是一种传染病监测的普通策略，它能判断畜禽是否可能感染了禽流感。一般是选取具有代表性的30只或更多的家禽，做上标记，随意放置于疫苗免疫过的群体内，定期进行禽流感的检测。哨兵家禽对接种疫苗的畜禽提供了一种敏感的监测方法，这种策略的主要不足之处在于对哨兵家禽的管理，因为它们必须要做上标记并且单独笼养，同时也认为那些野生鸟类增加了畜禽感染禽流感的风险。

2　亚单位疫苗

禽流感病毒入侵时，动物首先针对血凝素蛋白和神经氨酸酶蛋白产生具有保护作用的抗体，只有含这两种蛋白的疫苗才可能对禽类有保护作用。并且血凝素抗体对保护性特别重要，许多试验用的亚单位疫苗只含有血凝素蛋白。一些不同类型的亚单位疫苗，包括病毒载体疫苗和在其他系统中表达的蛋白疫苗，都具有对高致病性禽流感