原生虫是肉眼看不见的单细胞寄生虫，包括鸽毛滴虫和鸽球虫。鸽毛滴虫寄生在鸽子的上消化道上，如口腔、咽喉、食道、嗉囊，其传染途径可经过饮食或育雏接触传播。病鸽在张口时可以看到咽部有许多黄色干酪状积聚物，影响鸽子的呼吸和饮食，有水样腹泻，有的甚至引起器官的坏死。在饮水中按1：1500加入少量碘液或硫酸铜溶液治疗。也可用呋喃唑酮0.04%拌料或0.02%饮水，连用3～5天。鸽球虫病几乎所有鸽子都能被传染，但无明显症状表现。成年鸽有一定免疫力，雏鸽患球虫病往往导致死亡。病鸽表现消瘦，食欲不振，饮水增加，排出绿色稀粪或黑褐色带血稀粪。治疗方法可用0.02%饮水，连用3～5天；亦可用增效磺胺0.02%～0.04%拌料；还可用氯苯胍0.04%拌料。亦可用可爱丹0.0125%～0.025%拌料或饮水。