评价菌种的安全性包括致病性、感染性、毒力或毒素、代谢活性以及菌株的遗传特性。国外学者提供了一些评价乳酸菌安全性体外研究的方法，可以借鉴。

3.1.2.1 对益生菌致病性和感染能力的检测 没有致病性、感染性应该是益生菌安全性必须具备的条件。要证明益生菌是否具有感染性很困难，特别是厌氧菌。对弱感染力的细菌，即使给健康动物大量口服也不会引起感染。通常需要多种条件共同参与，才能建立起感染。一般采用抗生素脱污染或口服免疫抑制剂等方法，造成动物的菌群屏障功能和免疫功能丧失，再喂给微生态制剂，检查其是否引起感染。另外，采用无菌动物或悉生动物检查益生菌的感染也是可以使用的方法。有的益生菌可能引起定位转移，也是一种感染的表现，国外有学者将悉生小鼠口服长双歧杆菌BB536菌株2~3d后发现，细菌在肠内容物上的含量是10～100亿个/g。在1～2周后长双歧杆菌发生定位转移到肠黏膜淋巴组织、肝脏、肾脏，4周后全部消失。说明定位转移未能引起任何感染和毒副作用发生。采用悉生动物研究实验方法研究益生菌安全性是评估益生菌安全性和功效原理的有效方法，但这需要良好的试验研究条件，对于一般的用户是难以进行该方面评价的。

3.1.2.2 益生菌代谢活性、有毒物产生的检测 评价微生态制剂安全性的另一个方面是检测益生菌是否产生有毒代谢产物及有害酶类，如发酵蛋白质产生氨、吲哚、酚、胺基、硫化氢等物质。目前还没有双歧杆菌和乳酸杆菌能够产生有毒物质的报道。检测发现双歧杆菌具有较低的脱胺酶活性和有较高的同化氨的能力，同时对胆汁酸具有较强的脱饱和能力。检查益生菌毒性的常规方法一般用急性毒性试验（即一次性大剂量口服微生态制剂）和慢性毒性试验（即多次小剂量给试验动物口服微生态制剂）。作者曾给试验动物大鼠多次皮下注射（左右侧每次各10ml，每月一次）由乳酸菌、酵母菌和芽孢杆菌组成的微生态制剂，历时1年半后，其生理状况十分健康，解剖后未发现任何脏器有异常变化。这也是评价益生菌安全性的方法。

3.1.2.3 血小板凝集活性、黏膜脱落活性 有些细菌产生的血小板凝集反应，被认为是促进感染心内膜炎的因素。有学者检测从心内膜炎感染分离到的5株鼠李糖乳酸杆菌和16株实验室内鼠李糖乳酸杆菌，发现从感染部位分离到的菌株全部具有血小板凝集反应，而实验室菌株只有一半具有此反应。凝集反应与细菌细胞外层蛋白结构有关。由感染部位分离到的菌株比实验室内的鼠李糖乳酸杆菌具有更强的凝集能力。某些菌株可以产生使黏膜细胞表面糖蛋白脱落的糖苷酶（ylycosidases）或芳香氨基酶（arylamidase）而引起感染，检测这些酶即可确定是否具有毒性或感染性。

3.1.2.4 抗生素耐药性 耐药性菌株的产生是人们广为关注的问题，已经发现从感染部位分离到的肠球菌已出现多重耐药性，即同时耐受多种抗生素。菌株耐药性的产生可以由使用抗生素的选择作用而产生，也可以由具有耐药性的细菌转导产生。关于天然具有抗生素耐药性的双歧杆菌和乳酸杆菌已有报道。为了避免具有耐药因子的菌株向肠内细菌转导耐药因子，益生菌株不应携带耐药因子。虽然某些特殊目的的益生菌株可以具有一种或多种抗生素耐药性，但通常情况下不应设计这种具有多重抗药性的菌株。人们常提到肠球菌的耐药性问题，特别是质粒编码因子能否把耐药因子传给正常菌群或病原菌。有试验表明，罗特乳酸杆菌（L. reuteri）可将耐药因子传给屎肠球菌或粪肠球菌，但是这种传递是在抗生素的选择压力下产生的，不使用抗生素并未发现耐药性质粒的传递。耐药性传递，不仅肠球菌，其它益生菌菌株都可能发生。世界各国生产的酸奶制品所用的乳酸杆菌、双歧杆菌及链球菌大部分都有耐药性。这些菌是动物和人类长期历史进化过程中形成的正常微生物群落，在自然情况下本来就可以互相转移。如果没有其它选择性压力因素存在，作为益生菌剂传播耐药性的忧虑是没有必要的。目前由益生菌耐药性所导致的危害还未见报道。