棉花健籽发芽率高，生活力强，播种后有利于全苗；非健籽发芽率、出苗率低，难以一播全苗。鉴别两种棉籽可采用开水烫种法：从净种子中抽取少量棉花种子，如50粒或100粒。将种子置于小杯中，用开水浸烫，并搅拌5分钟。待棉籽短绒浸湿后，取出放在白瓷盘中，根据颜色差别进行鉴别。呈深揭色或深红色的为成熟籽；呈浅褐色、浅红色或黄白色的为不成熟籽。如果非健籽（不成熟籽）较多，则不能作种。