针对农产品生产中农业投入品的经营、使用和监管缺乏严格规范，违禁销售或使用禁用、淘汰和高毒、高残留农药、兽药以及饲料添加剂等现象，条例规定，农业投入品经营者应当建立进货检查验收制度、索票制度，审验供货商的经营资格；农产品生产者应安全、合理使用农药、肥料、兽药、饲料和饲料添加剂等；鼓励在农村设立农产品质量安全信息员，协助政府及有关部门对农产品生产过程进行监督，以充实和加强农村群众对农产品生产过程的监督，保证农产品生产环节的质量安全。

条例还鼓励单位和个人对农产品质量安全进行社会监督。县级以上人民政府农产品质量安全监督管理部门要建立农产品生产者、经营者违法行为记录制度，对违法行为予以记录并公布。

对发现有质量安全问题的农产品，将实行召回制度和追溯制度。条例规定，农产品经营者发现其销售的农产品存在安全隐患，可能对人体健康和生命安全造成损害的，应当立即停止销售，及时封存，并向当地工商行政管理和农产品质量安全监督管理部门报告。确有安全隐患的，生产企业或者供货商应当召回其产品；对不合格农产品的产地和生产者，由县级以上人民政府农产品质量安全监督管理部门进行追溯处理，并采取必要的补救措施。