前述知情人士表示，转基因筛查成本比较高，每一份育种材料的全检测成本大约是1000元，对于种子企业来说，如果要按照“国家玉米产业技术研发中心”的要求步骤去完成，企业方面所付出的成本将很高。

国内一位种子企业家也表示，现在更为严峻的是，一些不知情违规企业的少数转基因种子资源是混在大量未知材料中，企业如果要筛查一遍，就不得不遍查所有可能涉及的材料。而大部分育种企业的种子资源库里都掌握着成千上万的种子材料样本，筛查一遍谈何容易。

对此，国家玉米产业技术研发中心在信件中表示，虽然对育种企业来说，目前的“转基因筛查成本比较高”，但现在动手筛查，所“付出的代价可能会小一些”，“否则，再过几年，随着来路不明的育种材料无控制地扩散和渗透，育种材料将会越来越混乱和难以控制”。

因此，为了中国玉米杂交育种的可持续发展，“挽救因不知情而陷入转基因的优良杂交种”，该中心建议种子企业和各地育种者尽快筛查自己手中的育种材料，并要求承担国家转基因安全评价项目的科研单位尽快研发一种简便快速、成本低廉和高通量的筛查技术，用于基层科研单位对育种材料的初步筛查；同时举办培训班，向育种者推广转基因排查技术。

国家玉米产业技术研发中心在信中还透露，预计国家对转基因管理将会越来越严格，违规操作会受到惩罚。