水肥一体化、农田土壤有机质提升、高标准农田建设等项目实施过程中的多部门文件“打架”的问题有望解决。新组建的农业农村部增强了在农业投资、农田整治、农田水利和农业综合开发方面的职责。为加强党对“三农”工作的集中统一领导，将中央农村工作领导小组办公室设在农业农村部，中央农村工作领导小组办公室的职责并入农业农村部。另外，国家发展和改革委员会的农业投资项目、财政部的农业综合开发项目、国土资源部的农田整治项目、水利部的农田水利建设项目等管理职责，划入农业农村部。

　　肥料进出口“关检”合一。组建国家市场监督管理总局后，不再保留国家质量监督检验检疫总局，将出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署。列入法检目录的有机肥料和部分化肥进出口手续将明显简化。

　　肥料国家标准将改由国家市场监督管理总局批准发布，生产许可改由国家市场监督管理总局指导实施。《标准化法》规定，强制性国家标准由国务院批准发布或者授权批准发布；推荐性国家标准由国务院标准化行政主管部门制定。目前，国家标准一般由国家质量监督检验检疫总局和国家标准化管理委员会联合批准发布。按照国家标准化管理委员会《2018年全国标准化工作要点》，为了助力打好污染防治攻坚战，年内大力推进肥料中有毒有害物质限量和农用污泥污染物控制等标准制修订工作，完善土壤污染防治标准体系。如果“肥料中有毒有害物质限量”强制性国家标准完成制定程序，将由国家市场监督管理总局批准发布。新方案规定，现质检系统实施的磷肥与复肥工业产品生产许可，将改由新组建的国家市场监督管理总局指导和管理。