同时，尽管政府在积极推进农村土地确权颁证，但确权并没有完全解决土地所有权缺失甚至消失的问题，而且土地承包经营权长久不变缺乏具体实现形式，许多地区事实上仍按照二轮承包期进行土地流转，存在一些风险。林乐芬、王军（2011）对浙江51个农村金融机构分行和支行行长的调查发现，分别有74.51%和68.63%的受访者认为相关法律法规不健全是制约农村金融机构开展承包地抵押的主要障碍。

　　二是经营户信用违约风险。农业是自然风险和市场风险叠加的产业，目前农业保险涉及的种类和补偿额度还很有限，一旦因自然灾害或经营管理失误造成经营失败，经营户无法正常经营还款，农业经营风险会向金融机构传导进而引发信用风险，给金融机构带来较大损失。为此，金融机构往往会提高贷款利率来规避风险，导致经营户融资成本过高。

　　例如，在重庆农地抵押过程中，金融机构对农村土地承包经营权抵押贷款采用的利率往往在基准利率基础上上浮50%左右，担保公司收取的担保费等费用达到贷款额的2.4%～3.6%，总贷款费率合计在13%左右。同时，农村土地金融需要诚实守信的环境，目前农村信用体系还很不健全，个人信用档案和记录系统也不完善，由此可能带来道德风险。

　　三是抵押品处置变现风险。由于缺乏政策法规依据，抵押物处置难以通过法律手段强制执行，成为一种不可置信的威胁，经营户缺乏按期偿贷的积极性。同时土地流转市场不健全，且土地经营权流转不能改变土地集体所有权性质和农业生产用途，一旦经营户出现贷款违约，金融机构处置抵押的土地经营权难度较大，很难通过及时转让承包经营权来减少贷款损失，易形成信贷风险。

　　金融机构的贷款风险较大，需要进行风险分担，但目前相关风险分担机制并没有建立起来，导致金融机构开展农村土地抵押的积极性不高。此外，尽管土地产权交易有形市场建设在加快推进，但农村土地抵押担保体系、价值评估体系等还比较滞后，不利于土地融资安全和交易制度保护，增加了农村土地承包经营权抵押的风险。

　　对政府而言，面临担保风险和社会稳定风险。目前我国农村担保体系不健全，为了规避风险，金融机构或中介组织一般要求政府出资组建相应担保机构（或村集体）进行担保或建立担保基金，这需要投入大量人力和资金，当贷款人出现违约行为时，政府需要偿付担保损失，部分贷款人考虑到政府提供担保，甚至会出现不愿偿债的情况。

　　例如，枣庄市于2012年初被农业部选为24个农村改革试验区之一，开展农村土地使用产权制度改革试点，政府成立了金土地融资担保有限公司，探索农村土地承包经营权抵押贷款，但仅在一起土地抵押贷款人“跑路”事件中，政府出资金的土地融资担保就承担了250万元的担保损失，农村信用社承担了50万元的贷款违约损失。同时，农村土地承包经营权抵押的社会稳定风险也不容忽视。

　　一直以来政府在推进农村土地资本化方面进展缓慢，其中重要原因在于担心开展农村土地承包经营权抵押后，当贷款人无法清偿债务时，金融机构会获得土地经营权，造成农民生计困难，特别是当经济减速外出务工人员失业回流农村后无地可种，进而带来社会稳定问题。这种担忧尽管低估了农民的理性，但也并非毫无道理。在当前农村社会保障制度尚不健全，农民市民化进程缓慢的情况下，农民“失权失地”后缺乏就业生活保障，的确可能出现农民生活困难的情况。

　　对农户而言，面临“失权失地”风险和价值剥夺风险。一方面，农村土地承包经营权抵押，一旦发生较大的农业生产经营风险或其他风险，经营者在抵押期内无法偿还贷款，金融机构就会按照约定取得农村土地承包经营权，可能造成“失权失地”。