在当前“乡政村治”的结构下，乡（镇）与村之间的关系是指导与被指导的关系；村民小组作为村民进行自治活动的具体组织，接受村民委员会的组织领导，但由于村民小组不具有法人实体性质，在农村社会治理中不能独立发挥作用。从实践层面上看，有两个问题较为突出。一个是村党支部委员会和村民委员会的关系很难处理好，另一个是实行村民自治制度以后，赋予农民群众的各项民主权利未能真正落实，农民利益受侵犯的情形仍比较普遍。

　　当前，我国不少农村的党支部和村委会存在较严重的摩擦。有些农村党支部书记认为党支部书记天然的就是村中的第一把手，就应该决定村里的大小事情，不少地方是“支部书记定盘子，村主任领着干”，民主决策流于形式。也有相当部分村主任认为村委会是老百姓选出来的，大部分村民拥护我，而支部书记不过是几个党员选出来的，甚至是乡镇党委任命的，既然搞村民自治那么就应该是村主任说了算。于是在工作中不服从村党支部的领导，导致“两委”关系紧张。目前农村中“两委关系”紧张的村庄为数不少。为了消解“两委”关系矛盾，有的地方正在探索村支部书记、村主任“两职一担挑”交叉任职的做法。

　　此外，“乡政村治”因种种因素削弱了村民自治的民主程度，村民失去政治参与的积极性。目前村民自治中除了民主选举落实的比较好之外，“民主决策、民主管理、民主监督”在相当程度上还没有落实。村务公开作为民主监督的一项重要内容，由于公开中的种种不真实性而使村民失去热情，目前不少地方的农村几乎连个村民大会也无法召开。在集体经济空壳的情况下，村民们会认识到参与“民主管理、民主决策、民主监督”不仅不会得到什么收益，很可能还需要为村里的种种事务掏钱，倒不如不参加而搞自己的生产为好。这也因此给村党支部、村委会争权夺利创造了空间。甚至，为了争夺资源和利益的支配权，甚至出现贿选事件。

　　国家治理体系和治理能力现代化语境下乡村治理何去何从？

　　当前，我们提出了要推进国家治理体系和能力现代化，那乡村治理的现代化到底何去何从？

　　用制度来保障治理水平的提高

　　在结构转变过程中，传统乡村社会熟人社会向半熟人社会的转变，使得乡村人际关系的认同条件发生变化或遭受破坏。人口的流动，社区边界的调整，家庭模式的变化等等，都使违反道德和礼仪所产生的羞耻感的惩罚力下降，道德权威和宗法领袖不再成为能有效提供秩序和安全的力量。此外，由于人们的社会活动空间增大社会秩序和安全的内涵与以往大不相同。在这些变化之下，乡村社会已经很难通过对道德、宗法和财富的认同来产生稳定的政治权威结构，而政府的任命也已经很难与乡村居民的认同保持一致。因此，为了产生较为稳定的乡村社会权威结构，并使这种结构保持一种强制力，就需要用制度设计来保证权力获取的认同度，比如民主选举制度的诞生就是如此。

　　多元自治促进村级自治的完善

　　当前，中国农村的土地制度实际上是延续了改革之前人民公社三级所有队为基础的制度，所以在有的地方，农村的土地所有权主要是在过去的生产小队，也就是现在的村民小组。但是，也有一部分地区不是这样，人民公社时期就是土地所有权就是在过去的生产大队，就是现在的行政村、村委会这一级。此外，随着城镇化进程的推进，有的地方为了方便发展，几个村民委员会合并，集中建一个新型社区，形成新的自治单元。这就意味着，到目前为止，实际上我国存在着大、中、小三级不同的自治单元。

　　能否考虑在土地所有权属于经济小组的地方适用村民自治？集中设施建设的地方是不是也可以实行村民自治？可喜的是，面对上面的问题，一号文件给出了答案。文件指出，要探索不同情况下村民自治的有效实现形式，农村社区建设试点单位和集体土地所有权在村民小组的地方，可开展以社区、村民小组为基本单元的村民自治试点。如此，三类单元、多元化的自治模式使得村级自治的完善迈出了重要一步。

　　提高乡村治理能力，从而匹配治理体系的现代化

　　再者，要大力推进农村改革，完善干部任用和管理机制，提高乡村治理能力。农村改革要坚持以增强农业农村发展活力为目的，深入推进城乡改革联动。加快完善城乡发展一体化体制机制，促进城乡要素平等交换和公共资源均衡配置。一方面，以促进人口城镇化为核心，以促进农民工市民化为重点，改革创新城镇户籍、住房、就业、就学和社会保障制度，增强城镇化对村建设的拉力。另一方面，以落实维护农民土地承包经营权、宅基地使用权和集体收益分配权为重点，切实保障农民财产权利和经济利益。