产权制度问题。我国传统意义上的集体经济最大的缺陷就是产权虚置、少数人控制，今后须按中央和省的要求，建立归属清晰、权能完整、流转顺畅、保护严格的农村集体产权制度。开展以清产核资、资产量化、股权管理为主要内容的集体产权股份合作制改革，将资产量化固化到户到人。赋予农民对落实到户的集体资产股份占有、收益、有偿退出及抵押、担保、继承权。通过建立社区股份合作社，把集体资产量化给农民，实现“还社于民”，解决少数人控制、资产流失以及农民权益难以维护等制度性问题。

　　利益配置问题。总的是分配统筹、成果共享，坚持农民增收与集体增利相统一，富村与济民相结合。具体问题须具体对待。如在合作经济组织中，要统筹处理好社区资产收益与村民股权分配的关系，确保集体资产保值增值、农民收益持续增加。村集体经济的积累性收入主要用于发展项目投资，培育村级集体收入来源，可以量化到村民，但不能取现，不搞“分光吃净”。对村集体土地被征收所获得的土地补偿费等收入，除国家规定分配给农民的外，其余作为集体积累资金，专项用于农村集体经济组织发展生产和公益性事业。农村宅基地经整理溢出的土地和收益应归属集体。对各级财政支持的项目实行全程监管，积极帮助办理权属归村的产权证书。

　　资产管理问题。农村新型集体经济组织须严格依照法律法规和章程开展活动，建立健全法人治理结构和激励约束机制，推进集体“三资”管理制度化、规范化。在全面开展农村集体清产核资和资产产权登记基础上，推动集体资金、资产、资源管理民主化、信息化建设。还要适应变革，实行“三个转变”：一是由结果监管为主转变为过程监管为主。现今受益于信息技术的发展，应将集体经济组织经营活动全过程中的关键节点均纳入监管范围，以尽早发现问题、给予纠正，避免因决策失误、违规操作造成损失。二是由主要依赖领导决策管理转变为注重民主管理和制度约束。严格民主程序，开展形式多样的民主协商；对大的投资决策科学评估，以防范经营风险；建立村民监督机制，强化对村级集体资产承包、租赁、处置和资源开发利用的监管；健全科学规范的系列管理制度，用制度管人、管事、管权。三是由合同“一次订终身”转变为定期调整优化。凡集体资源（资产）承包、租赁经营的，均引入市场竞争机制，采取招标、发包等市场运作方式，并充分考虑市场的变化因素，一般每轮不超过5年。