2007年底，海关总署发布2007年第74号公告，对部分化肥及制肥原料的出口关税税率进行调整。公告规定：“尿素自今年1月1日至3月31日实行30%的暂定关税，自4月1日至9月30日实行35%的暂定关税，自10月1日至12月31日实行25%的暂定关税；磷酸二铵、磷酸一铵及磷酸一铵与磷酸二铵的混合物自今年1月1日至3月31日实行20%的暂定关税，自4月1日至9月30日实行30%的暂定关税，自10月1日至12月31日实行20%的暂定关税。”

2008年2月18日，国务院关税税则委员会发布通知，规定2008年2月15日至9月30日期间，磷酸二铵、磷酸一铵及磷酸一铵与磷酸二铵的混合物的出口暂定税率提高至35%。此外，通知还规定，对部分含磷复合肥开征出口暂定关税，2008年2月15日至9月30日实行35%的税率。

2008年4月2日，国务院关税税则委员会宣布，从2008年4月1日起至2008年12月31日，对过磷酸钙和钾肥征收30%的出口暂定关税。

2008年4月17日财政部宣布，经国务院批准，国务院关税税则委员会作出决定，在2008年4月20日至9月30日国内用肥旺季内，对所有贸易形式、地区、企业出口的所有化肥及部分化肥原料在现有出口税率基础上，加征100%的特别出口关税。

2008年8月30日，国务院关税税则委员会发布通知，规定从9月1日起，将氮肥及合成氨的特别出口关税上调至150%，并实施至12月31日。按照通知要求，2008年10月1日至12月31日，对除氮肥及合成氨外的其他化肥及化肥原料继续征收100%特别出口关税。

2009年06月23日，海关总署发出通告，自2009年7月1日起，对部分产品的出口关税进行调整：“取消部分化肥及化肥原料的特别出口关税，主要包括黄磷、磷矿石、合成氨、磷酸、氯化铵、重过磷酸钙、二元复合肥等，共计27项产品。同时，对黄磷继续征收20%的出口关税，对其他磷、磷矿石继续征收10%～35%的出口暂定关税，对合成氨、磷酸、氯化铵、重过磷酸钙、二元复合肥等化肥产品（包括工业用化肥）统一征收10%的出口暂定关税。调整尿素、磷酸一铵、磷酸二铵等3项化肥产品征收出口关税的淡、旺季时段，将尿素的淡季出口税率适用时间延长一个月，磷酸一铵、二铵的淡季出口税率适用时间延长一个半月。”