许多菜农只知道生石灰能够杀菌，但是到底该用多少不清楚，有的认为用的越多杀菌效果越好。如果亩用量超过500公斤，则会带来不良的后果，可导致土壤有机质迅速分解，腐殖质积累减少，从而破坏土壤结构。同时，土壤中磷酸盐以及铁、锰、硼、锌、铜等微量元素也会形成难溶性的沉淀物，有效性降低。大量使用石灰而未施其他肥料，土壤养分大量释放，作物不能全部吸收，导致养分流失，致使土壤肥力下降。所以石灰用量必须适当，正常情况下，用生石灰消毒土壤时的用量为每亩不超过100公斤。此外，用之前如果土壤的pH超过7.5，切忌再用生石灰处理土壤。

黄瓜、南瓜、甘薯、蚕豆、豌豆等耐酸性中等，要施用适量石灰；番茄、甜菜等耐酸性较差，也要重视施用石灰。

中和能力强的石灰或同时施用其他碱性肥料时可少施，而施用生理酸性肥料时，石灰用量应适当增加。降水量多的地区用量应大些。撒施，中和整个耕层或结合绿肥压青或稻草还田的可大些。如果石灰施用于局部土壤，用量就要减少。土壤酸性强，活性铝、铁、锰的浓度高，质地黏重，耕作层较深时石灰用量适当多些；相反，耕作层浅薄的砂质土壤，则应减少用量。旱地的用量应高于水田。坡度大的山坡地要适当增加用量。

有此菜农习惯将生石灰与有机肥等一起撒入土壤，然后翻地给土壤消毒，这种做法是不科学的，因为生石灰容易与发酵好的有机肥起反应，不仅影响有机肥的肥效，还影响了生石灰的杀菌消毒效果。正确的使用方法是先将生石灰撒入地里，深翻地，隔4~7天后再施有机肥。

此外，石灰不宜连续大量施用，