枯草芽孢杆菌可以分泌活性物质，激活植物防御系统，增强作物的免疫力与抗病性，减轻或消除病原菌对植株的危害。还可促进多种植物种子、幼苗和根系的生长发育，增强了植物的抗病性， 从而间接地减少病害发生。如增加吲哚乙酸等生长素的形成，刺激作物根系发育，增强光合作用。同时将土壤中难吸收的物质转化为易于作物吸收的物质，促进作物对营养物质的吸收利用，提高肥料利用率。